北方与西北
清初蒙古分四大部。 其中准噶尔汗国与沙俄友好,其可汗噶尔丹灭领叶尔羌汗国与青海和硕特,又占领喀尔喀蒙古,喀尔喀三部南下投靠清朝。康熙帝时期首先派萨布素于雅克萨战役驱除入侵黑龙江的沙俄军队,与沙俄所签订的尼布楚条约以确立东北疆界并获得沙俄的中立。接着于1690年至1697年间乌兰布通之战与三征噶尔丹使噶尔丹战死,创立多伦会盟以保护喀尔喀蒙古,将喀尔喀蒙古并入清朝。
雍正时期于1727年与沙俄签订恰克图条约,确立塞北疆界。1729年雍正听从张廷玉建议,以傅尔丹与岳钟琪兵分二路于科布多对抗准噶尔汗噶尔丹策零,最后于和通泊之战战败。1732年噶尔丹策零东征喀尔喀蒙古,兵至杭爱山,被喀尔喀亲王策棱击败。1734年清准和谈,以阿尔泰山为界,西北大致和平。
乾隆时期西北准噶尔诸子争位。乾隆帝乘机于1755年派降将阿睦尔撒纳为引导,以定北将军班第率军平定准噶尔,攻下伊犁。而后阿睦尔撒纳想要成为新准噶尔之主,由于没有获得乾隆帝支持而叛变。乾隆帝派兆惠西征,最后于1757年平定天山北路,准噶尔亡,其族惨遭灭绝。然而在天山南路,脱离准噶尔统治的回部领袖大小和卓兄弟起兵反清,史称大小和卓之乱。其领袖布拉尼敦与霍集占占据喀什噶尔与叶尔羌,意图自立。1758年乾隆帝再命兆惠西征,兆惠率轻军渡沙漠围攻叶尔羌(今新疆莎车),反被包围于黑水营。隔年清将富德率军解围,兆惠与富德最终攻灭大小和卓,并让帕米尔高原以西的中亚各国成为藩属国 。
青藏地区
青藏地区 的和硕特汗国协助黄教达赖五世击败红教统一全藏,之后分裂成青海与西藏和硕特。达赖六世时,藏区政事交由第巴(理事大臣)桑结嘉错管理,他联合准噶尔对抗西藏和硕特的拉藏汗,拉藏汗先下手杀桑结嘉错并废除达赖六世。17噶尔丹的侄子策妄阿拉布坦入侵西藏,攻杀拉藏汗,并且占领拉萨。清军与准军多次交战,最后于17由胤禵率军驱除成功,协助达赖七世入藏, 以拉藏汗旧臣管理藏区。
雍正初年青海亲王罗卜藏丹津意图复兴和硕特汗国而乱,隔年年羹尧与岳钟琪等人平定。为此雍正帝占领部分西康地区,又在西宁与拉萨分置办事大臣与驻藏大臣以管理青藏地区。
乾隆末年,尼泊尔的廓尔喀王国两次入侵西藏。1793年清廷派福康安与海兰察领兵入藏,平定廓尔喀,不丹与哲孟雄(今锡金)亦为藩属国,加强驻藏大臣的权力。
西南地区
雍正听从鄂尔泰建议推行改土归流,废除具自治性质的土司,以地方官管理少数民族。
乾隆初年派张广泗平定贵州苗民之乱,随后清军前往平定大渡河上游的大小金川(今四川金川县与小金县)动乱,史称大小金川之役。1747年到1749年期间发生大金川之战,清军于此吃尽苦头。1771年第二次金川之战爆发,大小金川的诺木与僧桑格均叛,清将温福战死,阿桂历经多次作战,直到1776年方平定。
弊端
清朝在夺取全国政权之后的很长时间内,一直把它征服的中华各民族看作被征服者,实行民族高压政策。强调满汉不通婚;筑起种族隔离墙,不准汉族去东北,不准蒙族平民入汉地。这就造成了民族歧视。 而改土归流虽然加强了国家对边疆地区的管理,但却加剧了中央与少数民族地区之间的矛盾,引起了多次边民起义,此外,改土归流亦只流于形式,仅是“换了官名,人还在,一姓土皇”。
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