后端开发|Python教程
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后端开发-Python教程
DICOM(Digital Imaging and Communications in Medicine)即医学数字成像和通信,是医学图像和相关信息的国际标准(ISO 12052)。下面这篇文章主要给大家介绍了关于python对DICOM图像读取的相关资料,需要的朋友可以参考借鉴,下面来一起看看吧。
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DICOM介绍
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DICOM3.0图像,由医学影像设备产生标准医学影像图像,DICOM被广泛应用于放射医疗,心血管成像以及放射诊疗诊断设备(X射线,CT,核磁共振,超声等),并且在眼科和牙科等其它医学领域得到越来越深入广泛的应用。在数以万计的在用医学成像设备中,DICOM是部署最为广泛的医疗信息标准之一。当前大约有百亿级符合DICOM标准的医学图像用于临床使用。
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看似神秘的图像文件,究竟是如何读取呢?网上随便 一搜,都有很多方法,但缺乏比较系统的使用方法,下文综合百度资料,结合python2.7,讲解如何读取及使用DICOM图像。
读取DICOM图像,需要以下几个库:pydicom、CV2、numpy、matplotlib。pydicom专门处理dicom图像的python专用包,numpy高效处理科学计算的包,依据数据绘图的库。
安装:
pip install matplotlib
pip install opencv-python #opencv的安装,小度上基本都是要下载包,安装包后把包复制到某个文件夹下,#后来我在/pypi/opencv-python找到这种pip的安装方法,亲测可用
pip install pydicom
pip install numpy
如果没有记错,安装pydicom时,也会自动把numpy安装上。
安装好这些库后,就可以对dicom文件操作。
具体看下面代码:
#-*-coding:utf-8-*-import cv2import numpyimport dicomfrom matplotlib import pyplot as pltdcm = dicom.read_file("AT0001_100225002.DCM")dcm.image = dcm.pixel_array * dcm.RescaleSlope + dcm.RescaleInterceptslices = []slices.append(dcm)img = slices[ int(len(slices)/2) ].image.copy()ret,img = cv2.threshold(img, 90,3071, cv2.THRESH_BINARY)img = numpy.uint8(img)im2, contours, _ = cv2.findContours(img,cv2.RETR_LIST,cv2.CHAIN_APPROX_SIMPLE)mask = numpy.zeros(img.shape, numpy.uint8)for contour in contours: cv2.fillPoly(mask, [contour], 255)img[(mask > 0)] = 255kernel = cv2.getStructuringElement(cv2.MORPH_ELLIPSE,(2,2))img = cv2.morphologyEx(img, cv2.MORPH_OPEN, kernel)img2 = slices[ int(len(slices)/2) ].image.copy()img2[(img == 0)] = -2000plt.figure(figsize=(12, 12))plt.subplot(131)plt.imshow(slices[int(len(slices) / 2)].image, gray)plt.title(Original)plt.subplot(132)plt.imshow(img, gray)plt.title(Mask)plt.subplot(133)plt.imshow(img2, gray)plt.title(Result)plt.show()
在DICOM图像里,包含了患者的相关信息的字典,我们可以通过dir查看DICOM文件有什么信息,可以通过字典返回相关的值。
import dicomimport jsondef loadFileInformation(filename): information = {} ds = dicom.read_file(filename) information[PatientID] = ds.PatientID information[PatientName] = ds.PatientName information[PatientBirthDate] = ds.PatientBirthDate information[PatientSex] = ds.PatientSex information[StudyID] = ds.StudyID information[StudyDate] = ds.StudyDate information[StudyTime] = ds.StudyTime information[InstitutionName] = ds.InstitutionName information[Manufacturer] = ds.Manufacturer print dir(ds) print type(information) return informationa=loadFileInformation(AT0001_100225002.DCM)print a
总结