1、nii 和 nii.gz 文件
使用nibabel模块,使用 pip install nibabel 安装,读取出来的图像第三个维度在最后边,不知为啥(就是w,h,d),不喜欢这种。所以另外一种办法是 SimpleITK 模块,读取出来的维度是(d, w,h)
例子:
import nibabel as nibpath = ''image = nib.load(path).dataobjprint(image[:, :, 100].shape)print(type(image[:, :, 100]))
import SimpleITK as sitkpath = "" data = sitk.ReadImage(path)image = sitk.GetArrayFromImage(data)print(image.shape)
2、dcm文件
使用pydicom模块,使用 pip install pydicom 安装
例子:
import pydicompath = ''image = pydicom.read_file(path).pixel_arrayprint(image.shape)
3、h5 文件
使用h5py模块,使用 pip install h5py 安装
import h5pypath = ''h5f = h5py.File(path, mode='r')images = h5f['image']labels = h5f['label']print(images.shape, labels.shape)
4、tif 文件
5、nrrd文件
使用 pip install pynrrd 安装
import nrrdpath = ""image, options = nrrd.read(path)print(image.shape)
6、mhd文件和raw文件
import SimpleITK as STKpath = ".mhd" # 文件路径是mhd文件路径data = STK.ReadImage(path)image = STK.GetArrayFromImage(data) # 获取图像
还没用到tif的文件