最近在做CHIP-seq，从NCBI上获取了原始数据后，想用fastqc检查一下二代测序数据有没有问题
于是我从官网上面下载了fastqc人软件包，并解压到了Biosofts文件夹里面
然后运行
fastqc -h
发现报错，没有这个命令
我以为是我没有配置这个环境变量，但我配置好了后，还是报错
上网查的原因是解压后的FastQC文件夹里面虽然有fastqc文件，但是用ls -lh 代码发现这个文件是没有执行权限的 解决办法如下
在fastqc文件所在的目录下运行下列代码
sudo chmod 777 fastqc
再次运行就可以运行了
另外提醒一下
Ubuntu自带Fastqc，所以可以用 apt install fastqc 来安装fastqc
但是
用apt install安装的fastqc在Linux上运行是有BUG的！！！
重要的事说三遍
用apt install安装的fastqc在Linux上运行是有BUG的！！！
用apt install安装的fastqc在Linux上运行是有BUG的！！！
用apt install安装的fastqc在Linux上运行是有BUG的！！！
很容易出现下面的情况
Approx 95% complete for output.fastq
Analysis complete for output.fastq
Failed to process file output.fastq
java.lang.IllegalArgumentException: No key called gc_sequence:ignore in the config data
at uk.ac.babraham.FastQC.Modules.ModuleConfig.getParam(ModuleConfig.java:148)
at uk.ac.babraham.FastQC.Modules.PerSequenceGCContent.ignoreInReport(PerSequenceGCContent.java:57)
at uk.ac.babraham.FastQC.Report.HTMLReportArchive.startDocument(HTMLReportArchive.java:331)
at uk.ac.babraham.FastQC.Report.HTMLReportArchive.(HTMLReportArchive.java:84)
at uk.ac.babraham.FastQC.Analysis.OfflineRunner.analysisComplete(OfflineRunner.java:155)
at uk.ac.babraham.FastQC.Analysis.AnalysisRunner.run(AnalysisRunner.java:110)
at java.lang.Thread.run(Thread.java:745)
所以最好是到官网上面下载软件包解压在修改文件权限！
