一、为什么需要生物数据库
构建?No!使用?Yes!
HIV病毒基因组:9752bp,编码9个基因;然而,人基因组:3,000,000,000bp……
生物数据库:被组织起来的大量生物数据,这些数据通过计算机可以被方便的访问、管理、更新
天文数字单位
二、生物数据库的分类
生物数据库有多少?目前2000+!
著名期刊 Nucleic Acids Research(NAR)有生物数据库专刊
(内含 GenBank 和 PDB(Protein Data Bank)的最新版本数据库)
三、文献数据库—PubMed
链接:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov
PubMed拥有超过240w的生物医学文献,来源于MEDLINE(生物医学文献数据库)、生命科学领域学术杂志以及在线的专业书籍,文献部分提供大全文链接。
高级搜索1—利用索引
格式:搜索词+空格+[缩写1+缩写2+……]+空格+搜索词+空格+[缩写1+缩写2+……]+……
高级搜索2—利用Advanced
无限添加条件
Tips
1.使用引号,词语合并搜索(如:“down syndrome”)
2.使用逻辑词 AND,OR,NOT(如:dUTPase [TI] AND bacteria [TI] NOT Smith [AU])
3.使用正确的名i缩写 (如:“Abergel C”)
4.使用每一篇文章唯一的PubMed ID(如:PMID:12345678)
四、一级核酸数据库—GenBank
链接:https://www.ncbi.nlm.nih.gov
注释
关于LOCUS和ACCESSION
LOCUS相当于姓名,ACCESSION相当于学号,ACCESSION和LOCUS不一定相同
同一个人(LOCUS)在不同的学校(数据库)里可能有不同的学号(ACCESSION)
关于链接
1.FASTA:FASTA格式的核酸序列
2.Graphics:序列的图形概览
3.Send+Creat File:像PubMed文献列表一样纯文本保存整条记录