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【MOOC-生物信息学-生物数据库】

时间:2020-12-04 07:17:05

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【MOOC-生物信息学-生物数据库】

一、为什么需要生物数据库

构建?No!使用?Yes!

HIV病毒基因组:9752bp,编码9个基因;然而,人基因组:3,000,000,000bp……

生物数据库:被组织起来的大量生物数据,这些数据通过计算机可以被方便的访问、管理、更新

天文数字单位

二、生物数据库的分类

生物数据库有多少?目前2000+!

著名期刊 Nucleic Acids Research(NAR)有生物数据库专刊

(内含 GenBank 和 PDB(Protein Data Bank)的最新版本数据库)

三、文献数据库—PubMed

链接:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov

PubMed拥有超过240w的生物医学文献,来源于MEDLINE(生物医学文献数据库)、生命科学领域学术杂志以及在线的专业书籍,文献部分提供大全文链接。

高级搜索1—利用索引

格式:搜索词+空格+[缩写1+缩写2+……]+空格+搜索词+空格+[缩写1+缩写2+……]+……

高级搜索2—利用Advanced

无限添加条件

Tips

1.使用引号,词语合并搜索(如:“down syndrome”)

2.使用逻辑词 AND,OR,NOT(如:dUTPase [TI] AND bacteria [TI] NOT Smith [AU])

3.使用正确的名i缩写 (如:“Abergel C”)

4.使用每一篇文章唯一的PubMed ID(如:PMID:12345678)

四、一级核酸数据库—GenBank

链接:https://www.ncbi.nlm.nih.gov

注释

关于LOCUS和ACCESSION

LOCUS相当于姓名,ACCESSION相当于学号,ACCESSION和LOCUS不一定相同

同一个人(LOCUS)在不同的学校(数据库)里可能有不同的学号(ACCESSION)

关于链接

1.FASTA:FASTA格式的核酸序列

2.Graphics:序列的图形概览

3.Send+Creat File:像PubMed文献列表一样纯文本保存整条记录

五、一级核酸数据库—Ensembl、JCVI

Ensembl—基因组数据库

JCVI—微生物宏基因组数据库

六、二级核酸数据库

RefSeq—参考序列数据库

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq

dbEST—表达序列标签数据库

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST

Gene—提供基因序列注释和检索服务的数据库

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene

ncRNA—非编码RNA数据库

http://biobases.ibch.poznan.pl/ncRNA

microRNA—已发表的microRNA序列和注释的数据库

七、一级蛋白质序列数据库—UniProtKB

链接:

注释

索引

八、一级蛋白质结构数据库—PDB

链接:

索引

九、二级蛋白质数据库—Pfam、CATH、SCOP2

Pfam—结构域家族数据库

CATH—结构分类数据库

http://www.cathdb.info

SCOP2—结构分类数据库

http://scop2.mrc-lmb.cam.ac.uk/

十、 专用数据库—KEGG、OMIM

KEGG—京都基因与基因组百科全书

https://www.genome.jp/kegg

OMIM—人类孟德尔遗传在线

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