神奇宝贝第二部-又名《神奇宝贝超世代/宠物小精灵AG》共分为丰缘地区丰缘联盟及关都地区对战开拓区两篇。和以往的剧情不同之处在于故事变成了两个主线，小智为了参加丰缘联盟，努力挑战道馆，丰缘联盟结束后，则改挑战故乡关都地区新设的对战开拓区。而小遥则以成为协调训练家努力，挑战各地的华丽大赛。故事中的反面角色由火箭队二人组增加到火岩队和水舰队。相比略带搞笑色彩的火箭队，火岩队和水舰队则显得更加“专业”。小智等人与其对抗，并见证超古代神奇宝贝力量的经历也成为了故事的另外一条线索。
在此系列中，小智和无印篇的女同伴小霞分别，并和从橙华市出发的新手训练家小遥一同旅行。小遥本来只愿意旅行，但得知神奇宝贝华丽大赛后，就决定成为协调训练家。 两人都为了达成各自的目标，与神奇宝贝一同奋斗。
小遥的弟弟——小胜也跟着他们旅行，还带着神奇宝贝领航员。不过，因为小胜年龄不足，所以没有神奇宝贝。小智的顾问，也就是上一部的另一位主角，小刚也在此系列的开端回来。
小智与小刚都以新装登场，小智没有戴着旧帽子，且穿着完全不同的新行装，并且小霞在超世代中客串时，也穿着新装。
超世代系列的程式与无印篇分别比较大。在关都与城都地方，小智有遇见又收服到那地区的三只初学者神奇宝贝。但在此系列中，小智收服到的初学者神奇宝贝只有木守宫。加之和橘子群岛与城都地方不似，小智把他所收服的神奇宝贝留在大木博士的研究所，只打算带着皮卡丘。另外，在这系列，小智也没有主要的劲敌。《神奇宝贝钻石与珍珠》是系列动画《神奇宝贝》的第三部。其他译名：神奇宝贝DP,宠物小精灵钻石与珍珠,神奇宝贝钻石与珍珠,神奇宝贝第三部,宠物小精灵第三部。小智来到了神奥地区踏上新的旅程，也换上了令人耳目一新的服装，一同旅行的伙伴中，除了固定班底-超爱大姐姐的小刚外，也增加了一位新女主角-小光。
历代神奇宝贝动画系列中，小智身边都会有位女主角一起共同冒险，初作女主角是自称美少女的小霞，超世代系列是一位可爱的活泼少女小遥，而本作神奇宝贝-钻石&珍珠则是一位个性爽快、有话直说的10岁小女孩-小光，她以新人神奇宝贝训练家身分出外冒险旅行，却在朝向神奇宝贝研究所的途中迷路，而小智刚好正准备展开在神奥地区新的旅程时，遇到了迷路的小光，因缘际会下两人便结伴同行。
另外，神奇宝贝动画系列中不可缺少的搞笑灵魂人物-火箭队，在本作神奇宝贝-钻石&珍珠中当然还会出场搞笑作乱一番，那段让大家朗朗上口的出场名言，在此作中变得更加震撼人心，而最后仍是会以大家熟悉的画面「好讨厌的感觉」飞上天空消失于天际收场。在神奇宝贝方面，除了最受欢迎的皮卡丘外，还将会有100多只可爱、帅气、活泼等各种不同类型的新神奇宝贝豋场。
