微信并没有提供根据unionID和公众号APPID来反查同一开放平台下某个公众号的粉丝的openID的功能，我认为微信一直没有提供这个接口是有原因的，即你想做的事情是通过unionID就可以做到的。
如果要直接回答题主的问题的话，那么也要分清题主是已经记录了A,B两个公众号所需的粉丝的数据，是需要整合，还是当粉丝在A公众号进行了操作获取到openID进而获取到unionID后，希望根据unionID得知该粉丝在B公众号内的数据，我们分开讨论：
1. 需要整合
这种情况很好办，就是数据库的操作了，而整合也是两种方法，一种是两张表合并成新表，日后A,B公众号的操作都直接操作新表，另一种就是不合成新表，在获取数据的时候修改一下查询语句。
2. 在A操作后获取B中数据
就像我们上面分析的，微信没有提供这个接口，所以就不可能会有优雅的实现方法，推荐的做法就是记录下目前B号的现有粉丝数据，当A号粉丝执行了某些操作来根据unionID来请求数据时，如果没有找到，那么就插入一条数据，同时将其标记为未找到的值，而处理B号的关注消息时，则在获取到openID之后通过微信接口获取unionID，将本unionID与现有的比较，如果有发现A号进行过查找但未找到，那么由B号的服务反馈给A号，这样就可以避免需要后台跑一个任务定时遍历B号粉丝的费时费力的做法，由主动遍历改为被动反馈，是目前情况下的较优雅的做法了。
推荐阅读：侯斯特：微信unionID的应用案例
