水稻纹枯病的防治应抓住防治适期，分蘖后期病穴率达15%即施药防治。广灭灵水剂500-1000倍液或5%井冈霉素100ml对水50L喷雾或对水400L泼浇。或每667m2用20%粉锈宁乳油50-76ml、50%甲基硫菌灵或50%多菌灵可湿性粉剂100g、30%纹枯利可湿性粉剂50-75g、50%甲基立枯灵（利克菌）或33%纹霉净可湿性粉剂200g，每667m2用药液50L。也可用20%稻脚青（甲基砷酸锌）或10%稻宁（甲基砷酸钙）可湿性粉剂100g加水100L喷施，或加水400-500L泼施，或拌细土25kg撒施。还可用5%田安（甲基砷酸铁胺）水剂200g加水100L喷雾或对水400L浇泼，或用500g拌细土20kg撒施，注意用药量和在孕穗前使用，防止产生药害。
水稻纹枯病发病较重时可选用20%担菌灵乳剂每667m2用药125-150mL或用75%担菌灵可湿性粉剂75g与异稻瘟净混用有增效作用，并可兼治稻瘟病。还可用10%灭锈胺乳剂每667m2250ml或25%禾穗宁可湿性粉剂每667m2用药50-70g，对水75L喷雾，效果好药效长。也可选用77%护丰安（氢氧化铜）可湿性粉剂700倍液或绿邦98水稻专用型600倍液或25%粉锈宁可湿性粉剂100g，对水75L分别在孕穗始期、孕穗末期各防1次，对病穴率、病株率及功能叶鞘病斑严重度，防效都很显着，有效地保护功能叶片。也可选用25%敌力脱乳油2000倍液于水稻孕穗期一次用药能有效地防治水稻纹枯病、叶鞘腐败病、稻曲病及稻粒黑粉病。能兼治水稻中后期多种病害。用曲阜市尔福农药厂生产的4.5％井冈霉素·硫酸铜水剂每亩用70-90mL喷雾，可兼治稻曲病。
此外，提倡施用多得稀土纯营养剂。
