灰原哀知道赤井秀一身份

不知道的。

不管是FBI还是冲矢昴一开始都是不知道的。

赤井秀一化名诸星大去接近宫野明美，通过宫野明美的妹妹雪莉进到黑色组织里，在事情败露之前，灰原哀都是不知道他的身份，直到卡梅隆坏了大事，赤井秀一抽身离开组织里，她才知道，在一次机会下，她或多或少知道那个FBI就是姐姐的男朋友。

至于冲矢昴，她一直都在怀疑的状态中，因为冲矢昴给她很强的黑色组织的味道，她也一直试探冲矢昴的身份，但终究还是没有试探出来