为了使标识牌的规划设计符合自然保护区旅游的要求，满足旅游者的旅游需求，展现自然保护区的自身特点，标识牌的设计除了要遵循标识的系统化、全局性、人性化等一般设计原则以外，还应该遵循以下几个重要原则：
1、景点教育性原则
自然景点保护区的主要职能是监测保护与科研教育，所以保护区内的标识牌设计必须遵循教育性原则。在构建保护区标识牌系统时必须重视环境管理标识牌和环境解说标识牌的设立，必须把它们作为独立的子系统进行考虑，对于珍惜植被、动物栖息地及活动区域、生态环境脆弱区域及自然遗迹遗址内必须设立标识牌，解说内容要求科学准确。
2、景区生态环境美学原则
生态美包括自然美、生态关系和谐美和艺术与环境融合美。自然保护区旅游标识设计的生态美原则首先要求选用生态材料，最好就地取材以实现自然美和与环境的融合美。其次，造型时要充分考虑与环境的协调性，不能在纯自然的环境中放入现代感很强的设计。最后，标识牌的颜色以及标识牌上内容的颜色也要求与环境相融合，对比不能过大，更不能用保护区禁用的颜色。
3、景区地方特色性原则
自然景区特色的凸显程度决定着设计的成败。保护区特色越明显，越能给游客留下深刻的印象，越能使保护区的内涵得到深化。内在隐性的地方特色要求准确解释解译对象的具体情况，如解译的是某单体植物的中文名，拉丁文名的名字拼写要准确，字体样式、颜色、大小要运用合理统一；对于其他同一类对象的解说，解说文字内容要有统一的解说侧重点，统一的语言风格等等。
外在形式的地方特色主要表现在地方特色的原材料以及标识牌的造型。材料要求选取景区内的可用材料，造型时要求把自然保护区的特色融入其中，如，珍惜动物保护区则可以把标识牌设计为动物的形状，遗迹类保护区则可以把标识牌根据遗迹样式提炼。
在这些原则的指导下设计的自然保护区旅游标识牌能满足游客的需求，也能体现保护区的功能，这在三江国家级自然保护标识牌的设计上得到很好的体现。如三江国家级自然保护区在标识牌设计时标牌的材料选择了当地的木材与环境很好的融合，且重点强调了对环境解说牌和珍惜动植物解说牌的设计，彰显了当地的动植物特色，提升了保护区的教育功能，也推广了保护区的形象。
