我是谁，我从哪里来，要到哪里去？在我看来，这三个问题不外乎就是认识自己，找到自己的人生方向，而这三个问题体现在电影中是这样的，首先说大姐姐，这个大姐姐其实是不属于青山所在的这个世界，因为她可以很多天不吃东西也不会饿，而且身体还很健康，她还能在阳光下，随意抛出任意物品都可以将其变成企鹅。她还会像企鹅一样只要远离水源就会变得难受，难受了就会召唤出会吃企鹅的颊颈龙，大姐姐就像一个矛盾体，既能变出企鹅，又能消灭企鹅，在哲学中，唯物辩证法的实质与核心就是矛盾，而这同样也体现出哲学的高度。
大姐姐的身份在电影中云里雾里，始终没有明确的答案，所以大姐姐一直想青山帮忙，弄清自己的身份，大姐姐其实也不认识自己，她不清楚为什么自己会变企鹅，但是又很明确地告诉青山，他可以弄清楚。“认识你自己”是苏格拉底的经典句，影片中自始至终不透露大姐姐的来历，反而大姐姐却很肯定青山可以探索她的来历，其实我觉得这是间接地将“认识自己”的问题转移到青山身上，因为去认识的主体还是青山 。
接着，是企鹅，突然冒出来的企鹅，使得好奇心重的青山不得不去找企鹅的来源，而这的哲学深度就是研究“从哪里来”世界的本源。整个影片，企鹅只是负责过过场，而一直在寻找企鹅源头的却是青山和他的朋友，青山为了寻找企鹅的源头，查遍书籍，制定“亚马逊计划”，却意外的看见被滨本发现的“海”。
而海将青山拼好的探测仪企鹅号给吞噬了，探测仪企鹅号不知道去了哪里，而这里的疑问就是探测仪企鹅号“到哪里去”。“海”就像一个黑洞，不知道会将人和物带到什么地方，科研队的人很不幸被“海”吸进去了，青山和大姐姐为了解救科研队的人，于是将一群企鹅汇聚成一条企鹅河流，冲进了“海”，进到“海”的内部，他们发现一个新的世界，另一个梦幻的世界。可是这个梦幻的世界却带有现实的影子，因为漂浮半空的有青山在现实世界的房子，有平时青山和大姐姐一起喝咖啡的咖啡厅，还有青山爸爸开车经过的商场。
这个在“海”内部的世界，就好像是镜像的现实世界，真切又不真实，像是孩童随意想象一般，这里又反映出梦幻世界和现实世界的矛盾。这样的对比，像极了想法天马行空的孩童与太过现实的成年人一样。虽然说，用哲学的角度去评价这部电影好像生涩难懂，但也不可否认影片确实存在这样的深度。
影片中，最具有代表性的台词就是结尾青山说的话：我每天都在加深自己对这个世界的认识，不断超越前一天的自己，很难想象我会变得多么了不起，估计那时候会有很多女性想要跟我结婚吧，但是，我已经决定和另一个女性结婚了，所以没办法再跟她们结婚了。
