苏门答腊是印尼最西面的一个大岛，也是全球第六大岛屿，全岛面积达47万平方千米。苏门答腊岛呈西北—东南走向，在中间与赤道相交叉，苏门答腊岛西南与爪哇岛隔着巽达海峡相望，北方隔着马六甲海峡与马来半岛遥遥相对，东方隔着卡里玛达海峡毗邻加里曼丹，西方濒临印度洋。该岛共划分有10个省级行政区，分别是亚齐省、北苏门答腊省、西苏门答腊省、廖内省、占碑省、南苏门答腊省、明古鲁省、楠榜省、邦加—勿里洞群岛省、廖内群岛省。苏门答腊岛在地形上由两个部分组成：西北部的布吉巴里山山脉（Pegunungan Bukit Barisan）和东部的沼泽地。布吉巴里山山脉自西北向东南斜贯，绵延1 700千米，该山脉的葛林芝火山（G. Kerinci）海拔3 805米，是全岛最高峰。山脉东北侧为丘陵和较宽广的沿海冲积平原。平原东半部有大片沼泽地，西海岸也有狭长的低地。除巴东市和明古鲁市由于治区所限位于西南部沿海之外，其余各省治均在平原地区，且多为海港城市。
平原地区无论是人口分布，还是经济发展程度、基础设施、交通设施水平都要高于西南部山区。苏门答腊岛最长的河流是巴唐哈里河，约800千米长，流经占碑注入贝哈拉海峡（Selat Berhala）。其次是穆西河，位于苏门答腊南部，流经巨港入海，全长550千米。此外还有阿沙汉河（S. Asahan），位于北苏门答腊，注入马六甲海峡。20世纪70年代在日本的帮助下，印尼在阿沙汉河上建有大型水电站（名为Sigura-gura），装机容量为603MW。因德拉吉里河（S. Inderagiri）、甘巴河（Kampar）、罗干河（Rokan）和西亚克河（Siak）也构成了苏门答腊北部平原的河流网。苏门答腊的多巴湖是东南亚最大的淡水湖，位于苏门答腊岛北部海拔900米的高原上，距北苏门答腊省会棉兰市175千米。湖长72千米，宽24千米，面积1 700多平方千米。这个深水湖最深处达450米，年平均气温只有22℃左右，湿度极低。多巴湖有一个湖心岛——萨莫西（P. Samosir）岛。该岛面积630平方千米，岛上的多洛利希山险峻。此外还有拉乌特达瓦尔湖、马宁焦湖、辛卡拉克湖（D. Singkarak）、拉瑙湖（D. Ranau）、林博托湖（D. Limboto）和葛林芝湖（D. Kerinci）。
加里曼丹岛，旧称婆罗洲（Borneo），它是世界第三大岛，面积约为73.6万平方千米，其中53.95万多方千米属于印尼（约占三分之二），北部的沙捞越、沙巴、文莱三部合称为北加里曼丹，前两者属马来西亚，简称东马，后者属文莱苏丹国。加里曼丹岛南部隔爪哇海正对爪哇岛，西南方与苏门答腊岛相望，东部临望加锡海峡（Selat Makassar）。加里曼丹按行政区划分为西加里曼丹省、中加里曼丹省、南加里曼丹省和东加里曼丹省。加里曼丹岛的中间是山地，但山脉不高，像放射线一样，从中央趋向边陲。该岛四周为沿海平原，主要分为东、南、西三个部分，其中南部是红森林密布的沼泽地。加里曼丹岛属热带雨林气候，终年湿热，年均气温24℃～25℃。每年11月到次年3月是降雨多的月份，七八月间则少雨，越往岛的东部，降雨量越少；岛内山区的降雨量比沿海地区多。全岛许多地方都被原始森林覆盖着，世界上除了南美洲的亚马逊河流域的热带森林外，就要数加里曼丹岛的热带森林最大了，约占全岛的85％，这里也是印尼主要的木材产地。
加里曼丹岛主要的山脉有：穆勒山脉（Pegunungan Muller），它是西加里曼丹与中加里曼丹二省的天然分界线；斯赫瓦纳山脉（Pegunungan Schwaner），它也是西、中加里曼丹二省的天然分界线，此山脉上有加里曼丹地区第一高峰布吉拉亚（Gunung Bukit Raya），高2 278米，在中加里曼丹境内；卡普阿斯胡卢山脉（Pegunungan Kapuas Hulu）是在马勒山脉与斯赫瓦纳山脉交界处附近向西延伸出的一条山脉，是西加里曼丹与马来西亚沙捞越州的天然交界。此外，在南加里曼丹境内还有一条莫拉杜斯山脉（Pegunungan Meratus）。加里曼丹岛是世界上唯一分属三国的岛屿，印尼在此和马来西亚陆上相邻，但是两国的陆上边境没有正式的划线国界，而只是依山而划的习惯国界。目前，两国经常就边境的贸易、安全和边民交流进行磋商，准备划定陆上国界。然而更为棘手的是印尼、马两国的海上划界。首先是加里曼丹东北部海域的西巴丹岛和利吉丹岛的主权争议由来已久。2002年海牙国际法庭把二岛判给了马来西亚，引起了印尼的不满。，两国就东加里曼丹安巴拉（Ambalat）水域的归属再起争议，两国军方经常在此地区形成紧张对峙。，两国又在西加里曼丹桑巴斯（Sambas）县的边界问题上产生纠纷。
