印尼位于亚洲东南部，是东南亚面积最大的国家，也是世界重要的海洋国家。它横跨赤道，地处印度洋和太平洋、亚洲和澳洲之间；西北隔马六甲海峡与马来西亚西部、新加坡相邻，北与马来西亚东部相连，隔苏拉威西海与菲律宾相望，东与巴布亚新几内亚连接，东南隔帝汶海与澳大利亚相对，西与西南濒临印度洋，具有重要的战略地位。印尼领土范围北起北纬6°08′，南达南纬11°15′，西自东经94°45′，东至东经141°05′。南北宽约1 900千米，东西长约5 100千米。它的陆地总面积约为1 904 556平方千米，海域面积为3 212 160平方千米（包括海洋专属经济区面积）。印尼是世界上岛屿最多的国家，被誉为“千岛之国”。根据印尼国家测绘局登记核实，印尼全国共有大小岛屿17 508个，其中约有6 000个有人居住。苏门答腊岛（P. Sumatera）、爪哇岛（P. Jawa）、加里曼丹岛（P. Kalimantan）、苏拉威西岛（P. Sulawesi）和伊里安查亚（Irian Jaya）是5个最大最主要的岛屿，占印尼国土总面积的92％。印尼是《联合国海洋法公约》承认的群岛国，在地理上划分为四大群岛：（1）大巽达群岛（Kep. Sunda Besar），包括苏门答腊岛、爪哇岛、加里曼丹岛和苏拉威西岛等大岛及其附近小岛，其面积约占国土总面积的70.26％。
（2）小巽达群岛（Kep. Sunda Kecil），也称努沙登加拉群岛（Kep. Nusatenggara），包括巴厘岛（P. Bali）、龙目岛（P. Lombok）、松巴哇岛（P. Sumbawa）、松巴岛（P. Sumba）、弗洛勒斯岛（P. Flores）和帝汶岛（P. Timor）等，其面积约占国土总面积的3.83％。（3）马鲁古群岛（Kep. Maluku），也称“香料群岛”，是由苏拉威西岛与伊里安查亚之间所有岛屿组成的群岛，包括莫罗泰岛（P. Morotai）、哈马黑拉岛（P. Halmahera）、特尔纳特岛（P. Ternate）、奥比群岛（Kep. Obi）、苏拉群岛（Kep. Sula）、布鲁（P. Buru）、安汶岛（P. Ambon）、塞兰岛（P. Seram）、班达群岛（Kep. Banda）、西南群岛（Kep. Barat Daya）、塔宁巴尔群岛（Kep. Tanimbar）、阿鲁群岛（Kep. Aru）等等，约占国土总面积的4.13％。（4）伊里安群岛（Kep. Irian），包括世界第二大岛巴布亚岛的西半部及周边小岛，也称作西伊里安岛，约占国土总面积的21.78％。印尼地形以山地和丘陵为主，仅沿海有平原。境内主要有两条山脉，一条是沿美洲的安第斯山、阿拉斯加山，途经日本、菲律宾至印尼马鲁古群岛和西伊里安的环绕太平洋山脉；另一条是沿北非、南欧、喜马拉雅山，途经缅甸至印尼苏门答腊、爪哇、努沙登加拉群岛，直至班达群岛的地中海山脉。后者是一条年轻的山脉，山势险峻，高度均在海拔4 000米左右。
该山脉被称为巽达火山带，是世界上地震和火山爆发最多的地区，仅爪哇岛年均大小地震就多达55次。除加里曼丹岛外，其余各岛均有火山分布，地震频繁。印尼全国共有火山400多座，其中活火山120多座，最著名的要数巽达海峡的喀拉喀托火山（G. Krakatau）、巴厘岛的阿贡火山（G. Agung）、中爪哇的墨拉比火山（G. Merapi）、东爪哇的赛梅鲁火山（G. Semeru）。印尼境内最高峰是位于伊里安查亚的查亚峰（Pk. Jaya），海拔4 884米。印尼河流众多，但受地理特点的限制，其河流一般都不长。其中爪哇岛18条，苏门答腊岛17条，加里曼丹岛25条，苏拉威西岛12条，伊里安查亚28条。全长在500千米以上的主要河流有：加里曼丹岛西部的卡普阿斯河（S. Kapuas）、加里曼丹岛中部的巴里托河（S. Barito）、加里曼丹岛东部的马哈坎姆河（S. Mahakam）、伊里安查亚的曼伯拉莫河（S. Mamberamo）、苏门答腊岛的巴唐哈里河（S. Batang Hari）和穆西河（S. Musi）、东爪哇的布拉塔斯河（S. Brantas）以及中爪哇的梭罗河（Bengawan Solo）等。
由于印尼处于热带地区，降雨频繁，除西伊里安有几条源于雪山的河流外，其余为雨水河。印尼大型河流普遍比较平缓，水量充沛，适合水上通航和农田灌溉，也蕴藏着丰富的水力资源；一些小型河流冲刷力强，水土流失较为严重。印尼的湖泊多为自然形成的火山湖，面积不大。其中爪哇岛有32个，加里曼丹岛23个，苏门答腊21个，苏拉威西岛12个，伊里安查亚11个，巴厘岛4个，努沙登加拉群岛4个。最著名的是苏门答腊岛北部的多巴湖（D. Toba），它也是东南亚最大的淡水湖。其他较为著名的湖泊还有：苏拉威西的马塔纳湖（D. Matana），苏门答腊岛的拉乌特达瓦尔湖（D. Laut Tawar）、马宁焦湖（D. Maninjau），巴厘岛的巴图尔湖（D. Batur），佛洛勒斯岛的三色湖（D. Tiga Warna），伊里安的森塔尼湖（D. Sentani）等。除火山湖外，目前还有19个修筑水坝而形成的大型水库，绝大部分位于爪哇岛，其中最大的水库是西爪哇的贾蒂卢胡水库（Waduk Jatiluhur）。
