六祖惠能在这里创立了禅宗，是佛教禅宗的祖庭。弘忍之后分成南北二系；神秀在北方传法，建立北宗；惠能在南方传法，建立南宗。北宗神秀不久渐趋衰落，而惠能的南宗经弟子神会等人的提倡，加上朝廷的支持，取得了禅宗的正统地位。由于从达摩到惠能经过六代，故传统旧说将达摩视为“初祖”，而把惠能称为“六祖”。图为南华寺大雄宝殿、降龙塔阁及塔碑。
南朝梁武帝天监元年（公元502年），据载，梵僧智药三藏率徒来中国五台山礼拜文殊菩萨，路过曹溪口时，掬水饮之，觉此水甘美异常，于是朔源至曹溪。四顾山川奇秀，流水潺潺，于是谓徒曰：此山可建梵刹，吾去后170年，将有无上法宝于此弘化。后韶州牧侯敬中将此事奏于朝廷，上可其请，并敕额“宝林寺”。图为南华寺大雄宝殿。
南朝梁武帝天监三年（公元505年），宝林寺建成。隋朝末年，南华寺遭兵火，遂至荒废。公元638年，惠能诞生。677年至唐凤二年，六祖惠能驻锡曹溪，得地主陈亚仙施地，宝林寺得以中兴。图为南华寺降龙塔阁。
唐中宗神龙元年（公元705年），中宗皇帝诏六祖赴京，六祖谢辞，中宗派人赐物，并将“宝林寺”改名为“中兴寺”。公元708年，敕额为“法泉寺”，并重加崇饰。公元7，惠能坐化于新州国恩寺，享年七十六岁。后其徒广集六祖语录，撰成《六祖坛经》。
宋初，南汉残兵为患，寺毁于火灾。宋太祖开宝元年（公元968年），太祖皇帝令修复全寺，赐名“南华禅寺”。元末，南华禅寺三遭兵火，颓败不堪，众僧日散，祖庭衰落。明万历二十八年（公元1600年），憨山禅师大力中兴，僧风日盛。然至明末，南华寺又复荒废。清康熙七年（公元1688年），平南王尚可喜将全寺重新修饰，使禅宗名刹焕然一新。图为南华寺五祖殿及八角五层六祖塔。
1934年，虚云和尚重修南华禅寺。1981年，惠能真身于1981年农历十月开座于修建焕然一新的六祖殿中，以供参拜。1962年，南华寺被列为广东省文物保护单位。1983年，南华寺最早一批被国务院定为汉族地区佛教全国重点寺院。图为南华寺卓锡泉。
南华寺庙宇依山而建，殿堂在同一中轴线上，结构严密，主次分明。进入第一道山门曹溪门（又称头山门）后，就是放生池。池为椭圆形，上建一座八角形、圆柱挑角、攒尖顶式五香亭。图为南华寺第一门的门额。
宝林门是南华寺第二道山门，明嘉靖十三年（1534年）建，清代及19重修，门联是“东粤第一宝刹，南宗不二法门”，横批是“宝林道场”。图为南华寺第二门。
禅宗创立之后，影响不断扩大，自身也不断发展，形成了曹洞、云门、法眼、临济、沩仰五大宗派（世称“五家”），它们不但取代了国内其人宗派的地位，而且还传播到国外。公元九世纪，传入朝鲜；公元十二、三世纪，又传入日本，并成为这些国家佛教的主流。此后，禅宗又自东亚传至东南亚乃至欧美等国。每年都有大批国外的佛教徒前来南华寺朝拜祖庭。图为南华寺远景。
