水稻分蘖期开始发病，主要危害叶鞘、叶片，严重时可侵入茎秆并蔓延至穗部。叶鞘发病先在近水面处出现水渍状暗绿色小点，逐渐扩大后呈椭圆形或云形病斑。叶片病斑与叶鞘病斑相似。水稻发病严重时，叶片早枯，可导致稻株不能正常抽穗，即使抽穗，病斑蔓延至穗部，造成瘪谷增加，粒重下降，并可造成倒伏或整株枯死，有时造成“串顶”。
叶鞘先在近水面的叶鞘上出现暗绿色的水渍状病斑，逐渐扩大成椭圆形，并可互相合成云纹状大斑，中部灰白色，潮湿时变为灰绿色。病斑由下向上扩展，逐渐增多。叶片叶片上的病斑与叶鞘相似。病重的叶片因病扩展快，呈水渍状污绿色，最后死亡。穗部穗颈上病部初为污绿色，后变灰褐，常不能抽穗，直接造成谷粒不实和秕谷增加。湿度大时，长出白色网状菌丝，后汇聚成白色菌丝团，形成深褐色菌核，易脱落。高温条件下病斑上产生一层白色粉霉层，即病菌的担子和担孢子。
水稻纹枯病发病症状为：水稻纹枯病病斑初期呈暗绿色，边缘有不清晰的斑点，并逐渐扩大成椭圆斑，边缘呈淡褐色，多块小病斑连在一起发展成不规则的云纹状大斑，病斑中部呈灰绿色或褐色，湿度低时，中部呈淡黄色或灰白色，边缘暗褐色；叶片和叶鞘病斑基本相似，叶片发病后容易腐烂。
