西瓜枯萎病为真菌病害。病菌主要以菌丝、厚垣孢子或菌核在未腐熟的有机肥或土壤中越冬，成为翌年主要侵染源，该菌在土壤中可存活6年。采种时可粘于种子上，致商品种子带菌率高，播种带病种子，发芽后病菌即侵入幼苗，成为次要侵染源。西瓜根的分泌物刺激病菌萌发，从根毛顶端或根部伤口侵入，进入维管束，在导管内发育，分泌毒素阻塞导管，干扰新陈代谢，致西瓜萎蔫、中毒枯死。
生产上遇有日照少，连阴雨天多降雨量大及土壤黏重，地势低洼，排水不良，管理粗放的连作地，西瓜根系发育欠佳发病重；此外氮肥过量，磷钾肥不足，施用未充分腐熟的带菌的有机肥，或土壤中含钙量高，地下害虫为害重均易诱发此病。
