番茄早疫病发生普遍，叶片受害初期出现针尖大小的黑褐色圆形斑点，逐渐扩大成圆形或不规则形病斑，具有明显的同心轮纹，病斑周围有黄绿色晕圈，潮湿时病斑上生有黑色霉层。茎及叶柄上病斑为椭圆形或梭形，黑褐色，多产生于分枝处。果实多在绿熟期之前（青果）受害，多在花萼或脐部（后期在果柄处）形成黑褐色近圆形凹陷病斑，病部密生黑色和白色霉层。发病后期，茎基部病斑绕茎一周，植株枯死，产量损失严重。
主要危害叶片，茎和果实。叶片病斑呈圆形或近圆形，稍凹陷，边缘深褐色，上有较明显的同心轮纹，病叶常变黄脱落或干枯致死。茎部受危害时呈灰褐色凹陷的长形病斑，可致使茎部倒折。果实被害时，先从萼片附近形成圆形或椭圆形的病斑，凹陷，后期果实开裂，提早变红。
