病原真菌属半知菌亚门，称大丽花轮枝孢。病菌以菌丝、厚垣孢子随病残体在土壤中越冬，一般可存活6～8年。第二年从根部伤口、幼根表皮及根毛侵入，然后在维管束内繁殖，并扩展到茎、叶、果实、种子。当年一般不发生再侵染。因此，带菌土壤是本病的主要侵染源，带有病残体的肥料也是病菌的重要来源之一。病菌也可以菌丝体和分生孢子在种子内外越冬，带病种子是远距离传播的主要途径之一。病菌在田间靠灌溉水、农具、农事操作传播扩散。从根部伤口或根尖直接侵入。
黄萎病是由真菌浸染造成的。病菌主要从根部伤口侵人，也能从幼根的表皮及根毛直接侵入。因此，带菌土壤是病菌的主要来源。病菌也能以菌丝体和分生孢子在种子内越冬，并可随种子进行远距离传播，成为无病区的病源。
