小麦纹枯病主要采用化学防治与农业措施相结合的综合防治方法，播种时要选择抗病性较好的品种，不可将单一抗原品种进行大面积种植，播种前可用咯菌腈悬浮剂、戊唑醇悬浮拌种剂、粉锈宁可湿性粉剂等药剂进行拌种，生长过程合理施用氮肥、磷肥、钾肥，提高小麦抗病能力，进入拔节期后可适量使用苯甲·丙环唑乳油。
（1）农业防治。选用抗病、耐病品种。适期播种，避免过早播种，减少冬前病原侵染麦苗的机会。合理密植，加强田间排灌水系统的建设，勤中耕除草，降低田间湿度。避免过量施用氮肥，平衡施用磷、钾肥，特别是重病田要适当增施钾肥，增强麦株的抗病能力。带有病残株的粪肥要充分腐熟后再施用。（2）种子处理。用种子质量0.1%的15%三唑酮可湿性粉剂拌种。（3）田间喷药。5%井冈霉素水剂500倍液喷雾，或每亩12.5%烯唑醇可湿性粉剂32～64克对水喷雾。
种衣剂拌种是防治小麦纹枯病省工省时有效的防治措施之一。
小麦纹枯广丽用噻呋·己唑醇防治效果好。因为噻呋·己唑醇是一款由噻呋酰胺和己唑醇复配而成，用于防治小麦纹枯病的产品，对小麦纹枯病有较好的防效，持效期长，对作物无不良影响，经处理的小麦茎叶健康浓绿，为增产提供条件。
