小麦纹枯病可用井冈霉素或丙环唑喷雾防治。
在分蘖末期病株率达5%时，用药防治。药剂可选用30%苯醚甲环唑·丙环唑（爱苗）20ml或70%甲基托布津可湿性粉剂50～75克对水60～75千克喷雾，以分蘖末期施药防效最好，拔节期次之，孕穗期较差。
在播种小麦之前，要使用药剂拌种，期间可用2.5%咯菌腈悬浮剂100-200ml/100kg种子，或者0.8%腈·戊悬浮种衣剂药种比为1:40-50，或者种子重量0.03%的15%粉锈宁可湿性粉剂进行拌种，或者5%戊唑醇悬浮拌种剂每200斤种子拌种70-80g。
