近日网络热传我国台湾省一档节目对于新型冠状病毒版溯源的分析，再加上此前日本朝日电视台对于美国爆发的流感死亡患者中可能含有未确诊新冠肺炎的报道，不禁让人将新冠病毒的来源指向了美国。因此，小编将近期的消息进行汇总分析，帮助各位梳理科学抗击疫情的思路。
台湾省节目的分析实际上是根据中科院西双版纳热带植物园、华南农业大学、北京脑科中心2 月 21 日在中国科学院科技论文预发布平台 ChinaXiv 提交的一篇论文中的配图而得出的。注意，仅仅是论文中的配图，而论文的实质内容，基本上可以认为台湾省节目制作者没有看过。
这篇题为 Decoding evolution and transmissions of novel pneumonia coronavirus using the whole genomic data 的通过对四大洲、12 个国家的 93 个新型冠状病毒样本的基因组数据进行解析，追溯病毒的传染源及扩散路径。
论文的主要结论如下：
华南海鲜市场的新冠病毒是从其他地方传入的；
新冠病毒在 2 月 12 日之前发生过2 次明显的种群扩张；
新冠病毒基因组尚未发生重组事件。
而台湾节目的解读最为直观的依据就是这张论文配图，其中又可分为ABCD四个小图。其中A代表的是单倍型的关系，B是单倍性大类/单倍群的分布，C是可能的病毒基因组演化途径，D是可能的病毒传播途径。
何为单倍型，可以看作核酸序列变化的一种情况，病毒在复制过程中会发生突变，比如一个原始序列ABCDEF，经过一段时间，变成了ABcDEF，这就是产生了一个新的单倍型。核酸的变化只能给出不同单倍型间的关系，但不能指出方向，因此确定祖先和方向十分重要。
单倍型分析可以在群体遗传学上分析等位基因间差异、追踪个体亲缘关系、了解生物迁徙模式和进化历史，具有重要的理论意义和实用价值。
在这里，研究人员分析的前提是，所有的新冠病毒都有一个共同的祖先，当前的这些病毒在传播过程中发生了变异，但是这种变异是有迹可循的，所以可以通过分析确定病毒样本之间的演化关系。研究人员基于 120 个变异位点得到 58 种病毒单倍型（基因类型），单倍型演化关系如下：
单倍型 H13 和 H38 是比较“古老的”单倍型，通过一个中间载体 mv1与蝙蝠冠状病毒 RaTG13 关联，也就是说通过中间宿主mv1的演化，其实可以分为两个主要演变过程，mv1→H13→H3→H1和mv1→H38→H3→H1。研究人员对单倍型H13 和 H38对应的病毒样品进行溯源，发现他们分别是来自深圳的病患（广东首例）和美国华盛顿州的病患（美国首例），因此H13 和 H38 的如何演变关系就成为关键。
而台湾专家一开始就认为H38是祖先基因型，从图A中呈现的关系来看这个判断有误，也可能他忽略了图上mv1到H13的线比较细。
论文作者随后进行了论证，H13是深圳的病例，1月3日发病在武汉，4日返回深圳后就诊。因为确诊地点在深圳，因此被标记为了代表广东的深绿色。但是目前的问题在于在武汉内收集到的患者病毒核酸，都不具有H13这一单倍型。因此作者认为H13是最早被感染的，但是不能确定感染源（原文表述为医院或未知的共同病原）。
H13构成了单倍群A的核心。如果确定H13是祖先，那么可见它发展出了H3单倍型。H3单倍型经历了一次扩张，发展出了单倍群B。而H3的一支进而发展出H1单倍型，这个就是武汉大爆发的单倍群C。那么，第二种情况，即mv1→H38→H3→H1可能吗？如果这样，意味着H13必然是从H3演变过来的，这和第一种情况相反，对此论文作者在文中提到是不太可能的，作者同时还论述了，尽管H38在序列上看似接近假定的祖先，但分析认为H38其实起源于H3的一支，也属于单倍群B，即那个美国人同样是在武汉被感染的。而且从时间上来说，这位美国第一例病人的发病时间（1月15日）也晚于深圳患者。
从论文作者的数据、论述以及流行病学时间看，H38单倍型更倾向于起源于武汉，只不过是转移到了美国而已。其实在图C中，论文作者已经清晰的展现出了根据数据推测的病毒基因组演化途径，倾向是第一种情况，也用实线标注的演化途径表明了H13→H3→H38的过程。目前并没有更坚实证据证明mv1直接成为了H38。
至于台湾专家认为“美国有全部的5个单倍群（ABCDE家族），拥有其他地方没有的（家族）”，因此怀疑病毒实际上来源于美国。实际上美国多出来的一个单倍群，其实是单倍群D（图B，大地图）。这个单倍群D是怎么来的呢？图A中表现得很清楚，是在泰国的H1（同样也是我国输出的，大约1月12 日左右）演变成一个较广泛传播的单倍型H56，H56在澳大利亚生成了单倍群D，进而进入了美国、法国和我国台湾。这就是美国多出来的那个单倍群D的来源——依然是来自我国。
因此论文作者倾向于认为病毒的演变过程是：蝙蝠→mv1→H13→H3→H1，由于与华南海鲜市场有关联的患者样品的单倍型都是由单倍型 H3 衍生而来的 H1 以及其衍生的单倍型 H2，H8～H12，所以认为新冠病毒的起源并非华南海鲜市场，而真正的病毒源头也就是要继续追溯H13的来源了。
目前病毒的起源仍在深入研究中，相信随着时间的推移，不断收集到各方面的研究资料和充分证据，病毒的起源将会真正揭晓。在此之前，所有的假设都是允许的，但如果仅仅根据一篇论文的配图想象出离奇的结论也是荒唐的，欢迎各位网友留言讨论。
