1898年，北京大学的前身京师大学堂正式开学。首任校长（当时称管学大臣）是孙家鼐（1827～1909），安徽寿县人，状元出身，任职前是清朝一品大员、吏部尚书。任职不久，就改任礼部尚书。
京师大学堂是光绪帝新政唯一留下的成果。是作为全国最高学府来设置的。本着“中学为体，西学为用”的宗旨，从一开始就引进西学，委任美国传教士丁韪良（1827～1916）做西学总教习（相当于教务长），丁韪良自年轻时来华传教，在中国生活了66年，可谓“中国通”，曾任同文馆总教习。在京师大学堂的开办和早期教学管理上，出力最大，贡献不小。
慈禧太后为加强对京师大学堂的控制，特意委派张百熙（1847～1907）为新的管学大臣，张百熙是湖南长沙人，进士出身，颇倾向于维新变法，曾出任学务大臣。
为贯彻“中学为体”的核心观念，张百熙请出吴汝纶（1840～1903）出任总教习。吴汝纶是安徽桐城人，桐城派古文大家之一，曾国藩四大得意弟子之一。目的就是加强中学传统理念教育，以固国本。
在清朝末年，这一宗旨一直没变。同样是古文写得非常好的严复、林纾相继入主北大。严复（1854～1921）是福建闽侯人，新式学堂毕业，留学英国，曾任北洋水师学堂总教习，他用古文翻译的《天演论》，宣扬“物竞天择，适者生存”的论点，对当时社会影响很大。他先后出任京师大学堂的总监督和文学院院长。19中华民国成立，京师大学堂改名北京大学，严复是更名后的第一任校长。
林纾（1852～1924）是福建福州人，他用古文翻译了大量的西方文学名著，深受当时读者喜爱。他协助严复管理北大文学院，带头抵制新文化运动，反对用白话取代古文。
袁世凯统治时期，对教育不太重视，北大的生存环境不太好。严复多次为教学经费犯愁，千方百计加以筹措，仅够勉强维持之需。严复去职后，由工学院院长胡仁源代行校长一职。
19，蔡元培（1868～1940）出任北大校长，他是浙江绍兴人，进士出身，同盟会老会员，辛亥革命元老，民国首任教育总长，虽然从政多年，但以在教育方面的贡献最大，他开创了中国近代教育史上多个第一，是一位引领时代潮流的开创性人物。
他给北大带来新气象和新活力。他提倡在学术思想上要兼容并包，在教学管理上推行教授治校，实行民主管理。
他为北大引进了一大批优秀人才和学术大师，对推进北大的品牌建设和教学质量以及学术水平，都有着深远的影响。
陈独秀（1879～1942）和胡适（1891～1962）的加入，无疑使北大的文科更上一层楼，他们和钱玄同（1887～1939）、李大钊（1889～1927）等人一起编辑的《新青年》杂志，成为新文化运动的最大鼓吹者，在青年学生中拥有广泛的影响。
陈独秀是安微怀宁人，胡适是安徽绩溪人，两个安徽人充当了新文化运动的主将角色。陈独秀思想激进，和李大钊一起发起成立中国共产党。胡适受西方文化影响较深，在政治上主张改良，提倡“好人政府”。
鲁迅（1881～1936）、周作人（1884～1967）、刘半农（1891～1934）等也是新文化运动的积极参与者。鲁迅、周作人是亲兄弟，浙江绍兴人，两人都留学日本，周作人待的时间更长一点，并且娶了一位日本女子为妻，鲁迅先以小说出名，后以杂文为主，成为革命文学的主将。周作人擅长散文，颇有才气。他们两人都曾在北大任教，鲁迅是讲师，周作人是教授。
刘半农、钱玄同都是语言学家，对白话文的推广，大有贡献。刘半农是江苏江阴人，留学法国，文学博士，北大教授，对语言学有独到的研究。钱玄同是浙江吴兴人，是国学大师章太炎的弟子，与黄侃是师兄弟。留学日本，提倡拼音文字。他的儿子钱三强是中国原子弹之父、著名的核物理学家，与钱学森、钱伟长合称中国科技史上最有名的“三钱”。黄侃是湖北蕲春人，是个学术怪才，生平佩服的人不多，除了他的老师章太炎外，对刘师培（1884～1919）也格外看重。刘师培是江苏仪征人，家学深厚，天资过人，。
黄侃、刘师培、辜鸿铭（1856～1928）三人都对中国古文化十分推崇，都对新文化运动抱抵制态度。在新文化运动的重镇—北大，有这三位旧学大师的存在，更显得北大在学术上的包容性，新旧思想的激烈交锋，无疑会给北大师生带来无比刺激的头脑风暴。
辜鸿铭是福建同安人，留学西欧，精通多国语言，把中国儒家经籍，翻译成外文，大力向西方国家推介。
李大钊是河北乐亭人，留学日本，北京大学经济学教授，是著名的革命鼓动家，他在北大发展了不少优秀青年加入中国共产党。邓中夏（1894～1933，北大国文系学生，湖南宜章人）、高君宇（1896～1925，北大哲学系学生，山西静乐人）就是其中杰出代表。
北大哲学教授张申府也是中共早期为数不多的党员之一，还是周恩来、朱德的入党介绍人。
北大在文科上实力超群，尤其是哲学系，人才济济，拥有众多知名的大师。
梁漱溟研究印度哲学。
马叙伦（1884～1970，浙江余杭人）偏重教育哲学，是著名的教育家，曾任教育部长。
张岱年是张申府的弟弟，国学大师。
任继愈是新哲学大师。
汤用彤（1893～1964，湖北黄梅人）毕业于清华，长期在北大任教，曾任北大校务委员会主席。对哲学史有很深的研究。
朱光潜是安徽桐城人，美学大师。
北大校长文科生居多，蒋梦麟是学教育学的，傅斯年擅长史学，马寅初（1882～1982，浙江嵊县人）是学经济学的，他的固执和顽强是十分出名的，颇有点侠士风采。
后来的北大校长也有理科出身的，比如周培源和丁石孙。
出身北大的名人很多。历史学家顾颉刚、范文澜（1893～1969，浙江绍兴人），植物学家胡先骕（植物分类学的奠基人），社会活动家许德珩（北大外文系学生）、章士钊（1881～1973，湖南善化人），作家郁达夫（1896～1945，浙江富阳人），科学家于敏（中国氢弹之父）、王选（激光照排技术的发明人），语言学家王瑶、王力，知名学者季羡林（北大外文系），民国政客张耀曾（司法总长）。
就连北大的旁听生、预科生也不乏名人。知名作家茅盾（1896～1981，浙江桐乡人）、沈从文（湖南凤凰人），青年革命作家柔石（1901～1931，浙江宁海人）、胡也频（1903～1931，福建福州人）、李伟森（1903～1931，湖北武昌人），俄语专家曹靖华（河南户氏人）是其中杰出代表。
北京大学在中国近现代历史上留下很深的痕迹。
