故事发生在阳光炽热的暑假。夏日的午后，在森林穿梭，潺潺的泉水，清凉的树荫下，这般场景岂不正适合这段青涩的爱恋。那一天，萤在这片森林里迷了路。时间静静地流淌。临近黄昏时，她遇见了他。他站在微风之中，戴着狐狸面具，却无法看到他容颜，并用树枝拉着萤走出了森林，许给她一个夏日的约定，他说他叫银。
一个是活泼可爱的少女，一个是傲娇的“妖怪”，但并不妨碍他们散发自己的温暖，彼此靠近。阿银是由山神养大的人类少年，不能被人类触碰，否则就会消失，第一次告诉萤的时候，她哭了。或许有被银打到的痛，但更多的可能是，当她知道银会消失，变得心疼和难过吧。
此后每一年，萤每一年夏天都会来到这片山林找银，于是夏天便成了萤最喜欢向往的季节。每个夏天，萤都会来到森林里和阿银见面，他们一起度过了最美丽的时光。不敢摘下面具的银一直以来都是孤独的，直到遇见这个小女孩，他慢慢打开心扉。无聊的日子也变得不再无聊，即使不能触碰，也让人感觉如此温馨，希望时光就停留在那一刻。
当她从高高的枝头不慎跌落，银情急之下伸出手臂，却又不得不及时收回，她忍痛努力藏起哽咽，大笑着朝他摆摆手：阿银，记住哦，无论发生什么，都绝对不要触碰我。是绝对哦。从前是你不让我触碰，现在是我想要保护你呢。不要因为触碰我，消散自己的形神，虽然我也好想，好想好想握住你的手。
随着慢慢长大，萤一天天变着模样，从天真无知的小孩，长成亭亭玉立的少女，可是阿银却一如初见时的少年模样。时间在他身上丝毫没有踪迹。他们依旧遵循当初的约定，不触碰彼此，可是女孩开始对男孩，产生了不一样的感情。萤不知道的是，男孩其实也一样。
记得第一次萤说好像是在约会，银说那这该是多无趣的约会。第二次萤说好像是在约会，银说就是在约会哦。银陪着萤从六岁长到了成年，陪伴也是一种爱，最深沉的爱。其实仔细想想这种爱，也很像我们遇到的爱。但是不同的是，我们成长的速度是一样的，而萤的成长速度是比银快的。
不管保护的多么小心翼翼，失去的时候总在一瞬。最后祭奠结束的时候，有个小孩跑过险些摔倒，阿银本能的抓住小孩的手，当阿银最后意识到小孩是人类的时候，身体已经开始慢慢消失了。但是阿银笑着说：“来吧，萤，我终于可以碰到你了”。两人紧紧相拥在一起，虽然只有一瞬间，但对他们来说是永恒的。阿银化作了点点萤光，消失在了夜空中。
如果时光可以倒流，我还是会选择认识你，虽然会伤痕累累，但是心中的温暖记忆，是谁都无法给予的，谢谢你，来过我的世界。时光也许终有一日，会将我们分开。但是，即使如此，在那天降临之前，让我们一直在一起吧。在这样的时光中，为彼此留下更多宝贵的回忆，这些我们也都会记在内心的最深处。
总而言之，《萤火之森》这部动画，就像是一种缺憾的美好。让人永远都无法忘却，那种期盼着，那种欣喜，以及心痛和惋惜的感觉。相信每个女孩心里，都曾经住着一个少年，一个注定相遇，却无法触碰的银。这样的爱情，说短暂却细水流长，说长久却失之一瞬，但它却默默感动了许多人。
这样一段美好的感情，在最后，奢侈得只留下一个拥抱的温度，和一段无法忘却的回忆。那个夏天，莹重新回到了外公家。她走向旁边的小树林，在那个熟悉的台阶上，那个清瘦的少年，和往常一样戴着面具，正在等着她吧。
