7月1日零时起，铁路部门将实行第三季度列车运行图。运行图调整后，铁路南京站计划共开行旅客列车486.5对。其中直通旅客列车279.5对，管内旅客列车207对。
随着6月28日合杭高铁合湖段开通运营和7月1日沪苏通铁路的开通运营，全国“八纵八横”高铁网得到了进一步的完善。沪苏通铁路开通运营后，南京至上海将新增一条“通道”，北沿江扬州、泰州、南通等城市至江南苏州、上海、浙江间的出行径路“曲线变直线”，不再通过南京中转。同时，南京至张家港、常熟、太仓等地也首次开行直达列车，促进了南京到张家港、常熟、太仓等地的旅游，对推动长三角更高质量一体化发展具有重要意义。
此次调图后，南京至上海、南通等方向新增“C”字头城际列车9对。具体为：南京～上海虹桥1.5对，车次为C3774/1 C3772/3、C3778/5次；上海～南京5.5对，车次为C3852/3 C3854/1、C3856/7 C3858/5、C3860/1 C3862/59、C3864/5 C3866/3、C3868/9 C3870/67、C3872/3次；南通～南京2对，车次为C3782/3 C3784/1次、C3786/7 C3788/5次。
此外，随着新线的开通，南京至杭州、南通、启东等方向还新增7对动车组列车，来满足旅客的出行。具体为：南京～杭州南D5458/5 D5456/7次1对；上海～南京D9486/7 D9488/5次1对(高峰线)；启东～南京D5412/3 D5414/1、D5416/7 D5418/5、D5420/1 D5422/19次3对；南通～南京D5472/3 D5474/1次1对；南通～南京D5476/7 D5478/5次1对（周末线）。
随着6月28日商合杭高铁合湖段的开通运营，南京彻底解决了到宣城没有直达高铁动车组的历史。此前从南京到宣城需乘坐普速列车或通过中转换乘方式到达。其中，乘坐普速列车需要3小时16分钟左右。此次调图后，南京至宣城将增开始发高铁列车4对，途经列车2对，最快只需1小时06分，仅为原来运行时间的三分之一左右。具体车次为：南京南～宣城G7711/2、G7713/4、G7715/6次3对；南京南～宣城G7717/8次1对（周末线），宣城～上海虹桥G7178/5 G7176/7次1对；上海～芜湖G7282/3 G7284/1次1对延长运行区段为上海～宣城。
此次调图后途经南京站、南京南站的部分列车运行区段进行了调整，部分列车车次进行了变更。如：
1.南京南～上海G7031/G7066次1对、南京南～上海虹桥G7127/G7130次1对、南京南～黄山北G7313/G7314次1对，由南京南站始发终到改为南京站始发终到。
2.南京南～芜湖D5647/D5648次车次改为D5639/D5640次；南京南～合肥南D5499/D5500次车次改为D5647/D5648次；上海～南京G7100/G7099次逢周一至周五、周日开行，逢周六停运等。
除此之外，此次调图铁路南京站共安排上海、北京、南通、芜湖、安庆等方向的周末线、高峰线列车38对，其中周末线13对、高峰线25对。
铁路部门提醒，此次运行图调整，列车车次、运行区间、到开时间、开行规律变化较大，旅客通过铁路出行，请看清购票通知上的具体信息，如有变化请以铁路12306网站或12306手机APP上的信息为准，以免耽误您的出行。
