“慈云寺”，距今已1800多年历史，汉恒帝年间安息国（如今伊朗）太子经过三世轮回为安世高法师在此闭关修行并创建该寺（安世高法师与达摩祖师并列是中国佛教史上最着名的海外高僧）。魏文帝朝，邵硕长老重建山寺改名为清修寺。章武元年，刘备将刘禅送到云顶山学习佛法，音乐和文学，并敕命修建寺庙。唐高祖初年，改名为古天宫寺。唐玄宗幸蜀，赐王头陀姓李，改名云顶山慈云寺，寺庙僧侣高达3000人，乃唐代十大寺庙之一。至宋高宗敕赐寺为祥符禅院。元世祖赐蜀僧元一主讲祥符院，改名护国朝天寺。明改慈云禅院，明末清初毁于兵燹。清康熙七年(1668)由僧竺意重修。乾隆年间(1736～1795)又经祥芳增修。
嘉庆年间(1796～1820)改建山门，光绪十二年(1886)新建罗汉堂，规模达到十殿、四楼、三堂、二园一坊及四房。
国民革命时期，慈云寺曾经是全国着名的佛学院，国民党行政院院长任佛学院院长。
改革开放后，宗教政策得到落实，云顶山也因此恢复为禅林净地，经过全寺僧众不断努力发展，也就有了今天我们所看到香火旺盛的慈云。
慈云寺规模有十殿、四楼、三堂、二园一坊及四房。中轴线上依次有天宫殿(即山门)、哼哈殿、七佛坊、天王殿、观音殿、大雄宝殿、圣宫殿、藏经楼、祖师殿；左轴线上依次有并列的送子殿和关圣殿以及鼓楼、罗汉堂、西花园、祖堂；右轴线上依次有文殊楼、钟楼、五观堂、东花园。另外还有后房、马房、书房、涅槃房，建筑面积1万平方米以上。
慈云寺山门：为石木结构，门首有“古天宫寺”刻石，据传是唐李世民所书。两旁牡丹、菊花宝瓶浮雕以及“龙、虎”两大字基本完好。殿为悬山式顶。面宽3间13.1米，前后檐柱均有石刻楹联。
七佛坊：七佛坊建于乾隆26年，石质四柱三门三层门楼式建筑。双面浮雕、透雕、圆雕佛像、花卉、禽鸟走兽、殿宇，各种纹饰图案。是川西地区现存最完好的文物艺术价值最高的石碑坊。
大雄宝殿为悬山式顶石木结构，脊上有佛阁顶及蹲兽，明间梁架上有彩绘，檐柱上有彩绘深雕滚龙抱柱，金柱上彩绘涂金飞龙，柱础均有纹饰，前檐柱与金柱间均有卷棚式轩顶，后檐柱有石刻楹联，次间梁架上亦有彩绘，檐柱有石刻楹联，檐柱额枋、雀替及左右墙顶部透雕并有彩绘，撩檐枋上有回纹彩绘，金柱额枋上透雕并彩绘有人物故事，两边雕有“双龙戏珠”图，明间有伞状藻井，后金柱大小额枋间彩绘3个法轮，次间左壁留有彩绘人物等壁画47幅，其他各壁散存18幅，全殿面宽5间23米，通高11.7米，素面台基2.1米，阶梯式踏道13级，为全寺最为宏伟之建筑。
于右任书“大雄宝殿”，张大千书“鹫岭沙门”，流沙河书“大千世界”。
祖堂为悬山式顶双排石木结构建筑，前排面宽7间，后排面宽5间，均长22.3米，为该寺供奉历代祖师之所后排檐柱上均有刻石楹联
