康熙亲政后，敏锐地察觉到三藩已经成为国家的心腹大患，把它列为自己必须要解决的三件大事（三藩、漕运、河务）之一。虽然，康熙帝认识到三藩问题的严重性，但是当时财力和兵力有限，并不敢贸然行动。康熙十二年（1673年）3月，尚可喜主动请撤藩归老辽东。康熙立即抓住机会，答应了尚可喜的请求，并对他的行为表示赞赏。康熙的行为引起了其他两位藩王的警戒，于是他们也相继请撤藩归辽东以为试探。康熙以“撤亦反，不撤亦反”，果断下令撤藩。
吴三桂
1673年（康熙十二年）十一月至十五年四月。战乱不断扩大，吴三桂兵出三贵，进据湖南澧州、常德、岳州、长沙；清军云集荆州、武昌、宜昌，但不敢渡江撄其锋。孙延龄叛于广西，罗森、郑蛟麟、吴之茂叛于四川，耿精忠叛于福建，台湾郑经渡海进兵福建漳州、泉州和广东潮州，提督王辅臣又叛于宁羌，击杀清陕西经略莫洛。四方震动，人心动摇。康熙帝欲亲征，经议政内大臣密议谏止。清军东征西讨，顾此失彼。随后尚之信又叛于广东，总督、巡抚俱附之，清廷增兵两江。
1676年（康熙十五年）五月至十七年七月。以王辅臣败降平凉为转机，形势向有利于清军发展。随后，因郑经部争据福建漳、泉、兴、汀等地，耿精忠腹背受敌，仓促撤兵请降。尚之信也相继投降。孙延龄又被吴世璠杀于桂林。于是，清军集中兵力进逼长沙、岳州，吴三桂聚众固守。两军在江西吉、袁二州、广东韶关、永兴和广西梧、浔二州及桂林等湖南外围要地反复争夺。清军将帅每多观望，旷日糜饷，在军事上仍处于相持阶段。
1679年（康熙十七年）八月至二十年十月。1673年（康熙十七年），年已七十四岁的吴三桂在衡州称帝，国号大周，但未能改变叛军的困境。同年秋，吴三桂病死，形势陡变。叛军无首，众心瓦解。其孙吴世璠继承帝位。清军趁机发动进攻，从此叛军一蹶不振，湖南、广西、贵州、四川等地逐步为清军攻陷。但马宝、胡国柱等叛军仍困兽犹斗，节节顽抗；满洲将帅仍多迁延，以致时逾两年，清军才进逼云南，康熙二十年底，围攻省城昆明。吴世璠势穷自杀，余众出降，三藩之乱终告平定。
尚可喜
清廷在平叛战争结束后，没收藩产入官充当军饷，撤藩回京师。除吴三桂部调往边区站、台服役外，其余各部重新编入八旗。福州、广州、荆州派八旗兵驻防，广西、云南派绿营兵镇守，彻底消除了藩镇制。此外，这次平叛战争的胜利，意味着受“三藩”割据之害的人民的解放，给这些地区的社会经济的恢复和发展提供了必要的条件，从而有利于边疆和内地经济、文化的交流。之后，又于公元1683年灭亡了台湾的明郑政权。至此彻底消灭了南明的抗清实力。从此有组织的反清复明运动不复存在。此后，清廷开始才建够开始从事行政和财政经济的调整改革，然后致力于解决边疆问题。
三藩之乱形势图
这次平叛战争的胜利，清除了地方割据势力，避免了一次清朝分裂，同时中央集权制力量得到加强，提高了抗御外敌的能力。
吴三桂等人发动的起事，虽然打出了“兴明讨虏”的旗号，赢得了不少汉人和对满清朝廷心怀不满的人支持，得以在短短的时间内席卷长江以南地区，但由于他曾经亲手引清军入关，亲手杀害永历帝，实乃无以自圆，所以并未得到大多数人的支持。再加上其根本目的在于搞分裂割据，起事诸将皆为其朋党，吴三桂一死，登时土崩瓦解。所以其失败是必然的。
