先简要回答题主的问题：三国时期的州牧是刺史的升级版，太守是其治下的官员，州牧，刺史，太守都是地方行政官员；司马，司空，司徒号称三公，是中央最高行政长官，司马在东汉的时候叫作太尉。
具体一点来说的话，东汉末到三国时期的官职制度分为中央和地方两大块，具体到曹魏，东吴和蜀国又有些细微的不同。
中央：名义上最高的是三公，有实权的是录尚书事。
（1）录尚书事。
这听起来是个有点陌生的官职，但是实际上，在三国时代，一个实权重臣必须兼有录尚书事的职务才能说得上全面控制了朝政大权。
在东汉，尚书（台）本是内廷职务，品级不高，但是握有实权，后来又细分为六曹，其首称作尚书令，随着权力加重，尚书台里的一个职务录尚书事逐渐成为外朝权力的实际拥有者，而常侍，黄门则为内朝实权拥有者（例如东汉末年的十常侍之乱）。
史书如此记载：“后汉，众务悉归尚书，（三公）但受成事而已”（杜佑《通典》），“虽置三公，事归台阁，三公之职，备员而已。”（《后汉书》〈仲长统传〉），“今与陛下共理天下者，外则公卿、尚书，内则常侍，黄门。”（《后汉书》〈李固传〉）。
东汉末年到三国时代，有以尚书令兼领录尚书事的，也有其他职务兼领录尚书事的。
例如，192年，董卓被刺死之后，司徒王允兼领录尚书事。
曹操在195年官拜镇东将军，兼录尚书事，他以荀彧为尚书令。
诸葛亮以丞相兼领录尚书事，此时尚书令李严为他的副手。
诸葛亮之后，蒋琬以尚书令录尚书事，成为蜀国第二任决策者。
蒋琬之后，费祎任尚书令，迁大将军，录尚书事，成为蜀国第三任决策者。
曹魏时代，还有陈群，曹爽，司马懿等做过录尚书事，蜀汉时代，有诸葛亮，蒋琬，费祎，姜维做过录尚书事，东吴有刘基，腾胤，全尚等做过录尚书事。
录尚书事这个职位比较特别，它不是个独立的职位，要兼领才行 ，不是说做了这个位子就有实权，而是说本身有大权的重臣兼领这个职位，就可以全面控制朝政大权了。
（2）三公，名义上的最高行政长官。
①太傅和太师。
【太傅】：本意是皇帝（太子）的老师和辅政大臣，本是三公之一，东汉时期，太傅是太子宫中的最高官职，一般来说，太子做了皇帝之后，太傅很容易成为录尚书事，因此地位显赫。
东汉的时候，太傅不在三公之列，称为上公，后期废除了这个职位。
【太师】：东汉末年，董卓把都城迁往长安，自命为太师，实际上，东汉没有这个职位，董卓这是变相的攫取权力，因为他把太师列在太傅之上。
“（初平）二年春正月辛丑，大赦天下。二月丁丑，董卓自为太师。”（《后汉书·孝献帝纪第九》）
司马懿做过太傅，许靖做过蜀国的太傅，诸葛恪做过东吴的太傅。
②东汉的三公指的是太尉，司徒，司空，名义上三公之长百僚，但是因这个职位无实际意义，所以，一般把三公看作是名义上的最高行政长官。
东汉时做三公是很没意思的，一个要求是你学问要高，二个是有名无权，真正权力掌握在录尚书事等手里，三是出了事三公要被重责，是职业背锅人。
【太尉】：由大司马改来的职位，本职是负责官兵的考核评定等，东汉时期，做太尉的兼领录尚书事的人很少，所以太尉并无太大的行政决策权力。
东汉末年汉献帝的时候，董卓，杨彪等做过太尉，特别的是，大司马和太尉本是一职，但是在董卓时代，董卓自命为太尉，又将太尉刘虞改为大司马，一职变两职。
【司徒】：主管全国民政：“司徒，公一人。本注曰：掌人民事。凡孝民孝悌、逊顺、谦俭、养生送死之事，则议其制，建其度。凡四方民事功课，岁尽则奏其殿最而行赏罚。”（《后汉书·百官一》）
汉献帝时期，杨彪，王允，赵谦等先后做过司徒，蜀国的司徒则为诸葛亮，东吴则有孙邵，顾雍，陆逊，诸葛恪等先后做过此职。
【司空】：主管全国水利，建筑等：“掌水土事。凡营城起邑，浚沟洫、修坟防之事，则议其利，建其功。凡四方水土功课，岁尽则奏其殿最而行赏罚。”（《后汉书·百官一》）
蜀国没有司空这个职位，东吴则有孟仁和董朝，曹操时代华歆是司空。
（3）九卿，次级中央长官，位列三公之下。
东汉时期的九卿，隶属于三公之下，属于办事部门。
太尉下属：太常、光禄勋、卫尉；
司徒下属：太仆、廷尉、大鸿胪；
司空下属：宗正、大司农、少府。
（4）将军，有实权的军事存在，也是中央政府的一部分。
【大将军】：看看哪些人做过大将军，就知道这个职位有多牛了：西汉时期有韩信，卫青，霍去病，霍光等；东汉时期有窦宪，曹操，袁绍，夏侯惇等 ，三国时期有孙权，司马懿，蒋琬，费祎，姜维，陆逊，诸葛瑾，明朝时期有徐达做过大将军，都是个顶个响当当的人物。
大将军的职位序列比较复杂，一直因时势和任职者的权力大小而变化，有时候在三公之上，有时候在三公之下。
【其它将军】：位列三公之下的有骠骑将军，车骑将军和卫将军。
位列九卿之下的有前后左右将军，此等职位经常是临时设置的，存在时间不长。
【杂号将军】：各种临时设置，用完就废的名号将军。
大将军很多都是外戚，除了杂号将军之外，其它将军均可以开府。
汉灵帝时期，另设西园八校尉，汉灵帝自号无上将军，以宦官蹇硕为首领，袁绍为副首领，另有曹操，赵融等六校尉，主管都城军务，用来对付外戚大将军何进，此后彼此内斗，互相残杀，拉开了三国战乱的大幕。
【将军名人】骠骑将军：司马懿，马超，李严，步骘等。
车骑将军：张飞，廖化，夏侯霸等。
卫将军：诸葛亮儿子诸葛瞻等。
杂号将军：黄忠做过讨虏将军。鲁肃做过横江将军，赵云做过牙门将军等。
《三国志》记载曹操时代有五子良将，分别是前将军张辽，右将军乐进，左将军于禁，征西车骑将军张郃和右将军徐晃。
《三国志》里关羽，张飞，马超，黄忠，赵云五人合为一传，小说《三国演义》里则称他们为五虎上将。
（5）太后，隐形的权力拥有者。
东汉中期之后，皇帝多年幼，是以太后多大权在握，成为看不见的实权拥有人，这个到了三国时代，就很少见了。
地方：最高长官为州牧（刺史）。
【州牧（刺史）】：东汉时期，都城洛阳之外分成12州，每州派出刺史，这本是中央官僚，专管监察地方官员，治官不治民，也没有地方行政职权的。
东汉末年，黄巾起义，一些刺史被提升为州牧，可以全面主管本州民政，军政等大权，从而州牧成为了地方最高长官的地位。
在东汉初期，各州的长官叫作太守，随着刺史（州牧）的权力增大，慢慢的沦为刺史（州牧）的下级官员。
州牧这个位置有多重要呢？看看这些做过州牧的：曹操，刘备，袁绍，孙权，刘表，陶谦，袁术等，基本上都是一时人雄。
刺史和州牧这两个官职名字在东汉时期一直换来换去的，东汉末年基本上是以州牧的权力为地方最大，类似于唐朝的节度使，而它的权力实际上更大。
【司隶校尉部】：主管京兆、左冯翊、右扶风、河东、河南、河内、弘农和汉安八郡。大概是今天的河北南部，河南北部，山西南部和陕西渭南一带。
汉献帝时期，将八郡划入各州之内。
曹操做过司隶校尉，张飞以车骑将军领司隶校尉，后来被部下杀死，诸葛亮接任。
【郡国】：东汉时期，皇子封王，以郡为国，分别在各州之下。
【侯国】：东汉列侯以县封地，也在各州之下。
【邑，道】：皇后，皇太后，公主的封地叫作邑，少数民族的地区叫作道。
三国时代一些特殊的官职
【相国】：189年，大将军何进请董卓领兵救驾，结果引狼入室，董卓杀掉当时的两大军阀势力何苗和丁原之后，立刘协为皇帝，是为汉献帝。此后董卓进封为相国，独揽大权。
东汉时期并无相国这个官职，为董卓独有，在曹魏时期，则有司马炎，司马昭做过相国。
“（中平六年）十一月癸酉，董卓自为相国。”（《后汉书·孝献帝纪第九》）
董卓做过大约三年的相国。
【丞相】：西汉哀帝时期丞相改称大司徒，不设丞相一职，等到了曹操时期，才又设立丞相（建安十三年）。
“（建安十三年六月）癸巳，曹操自为丞相。”（《后汉书·孝献帝纪第九》）。
曹操做过大约十二年的丞相，曹丕做过大约一年的丞相。
蜀国丞相则只有诸葛亮一个人，在位大约十三年，“蜀曰丞相。章武元年置，建兴元年开府，军国事无大小皆听裁决。诸葛亮薨，因阙。居是官者一人。”（洪饴孙《三国职官表》）
吴国丞相较多，比较出名的有顾雍，陆逊等，“吴曰丞相。黄武初置。宝鼎元年分置左右，建衡中复旧。居是官者十一人。”（洪饴孙《三国职官表》）
在曹操时代，丞相实际上是实权拥有者，蜀国丞相亦可以看做是实权拥有者，属于专属诸葛亮的特殊尊位，诸葛亮死了之后，没有丞相了，大权主要在录尚书事，平尚书事，尚书令手中。
吴国丞相含金量不高，有时候还有左丞相，右丞相。
【其他】：曹操时期，仍然有三公，不过已经是政治花瓶；蜀国主管军事行政的则是大司马，没有司空，有时候有太尉；吴国和蜀国差不多，时有时无。
【地方】：曹魏时期，和上面所说的差不多，有州郡县三级，有司隶校尉，十三州；
蜀国两州，设立刺史（州牧），例如诸葛亮曾经领益州牧；
吴国四州。
