由于本病的发病率低，临床医师往往对其缺乏足够的认识，术前确诊率低，徐富星报告6例，仅1次由术前纤维结肠镜咬检确诊。但只要能对与肛肠疾病有关的症状与体征予以重视，合理的应用影像学检查即可对该病作出初步诊断，确诊需要内镜下吸取活组织行病理检查。有时，即使行活组织检查，术前也常误诊，对这类病例，需要行术中速冻病检或术后大体标本病检方能确诊。
本病主要应与大肠癌相鉴别，二者临床表现及病史相似，有时纤维结肠镜也不能将两者完全区分开来，确诊常需依赖活组织检查予以鉴别。另外大肠恶性淋巴瘤还应与溃疡性结肠炎、克隆病及结肠结核等炎症疾病相鉴别。内镜下病变都可呈跳跃分布及有溃疡形成，鉴别有一定困难，有时需结合临床症状及依靠病理活组织检查。
