1200字范文,内容丰富有趣,写作的好帮手!
1200字范文 > Linux非root用户安装融合基因检测软件pizzly教程与cmake3.14和gcc.5.4安装

Linux非root用户安装融合基因检测软件pizzly教程与cmake3.14和gcc.5.4安装

时间:2021-05-11 19:46:46

相关推荐

Linux非root用户安装融合基因检测软件pizzly教程与cmake3.14和gcc.5.4安装

废话不多说,直接上干货。

1. 下载软件并安装

软件GitHub地址: /pmelsted/pizzly

git clone /pmelsted/pizzly.gitcd pizzlymkdir buildcd buildcmake ..makemake install

2. 解决安装过程中的bug

1.cmake版本太低导致安装失败,安装高于cmake 3.0.0的版本。

cmake下载地址:/download/ 选择自己需要的版本,我以cmake-3.14.0-rc4.tar.gz为例

tar zxvf cmake-3.14.0-rc4.tar.gzcd cmake-3.14.0-rc4./bootstrap./configure --prefix=/path/to/your/directorymakemake install

将安装好的/path/to/your/directory/bin目录添加到~/.bashrc中,source一下。

检查cmake版本 cmake -v,出现版本号则安装完成。

2.gcc版本太低导致安装失败,安装高于gcc 4.9的版本。

gcc下载地址:/gnu/gcc/ 选择自己需要的版本,我以gcc-5.4.0.tar.gz为例

安装gcc需要安装几个依赖包GMP, MPFR 和 MPC,直接运行gcc-5.4.0目录下的./contrib/download_prerequisites

接下来是配置编译选项,配置之前要记住很重要的一点,安装gcc不能在它的源码目录下直接配置,需要在它的目录下新建一个文件夹,然后进入这个文件夹配置并编译安装。

tar zxvf gcc-5.4.0.tar.gzcd gcc-5.4.0./contrib/download_prerequisitesmkdir directorycd directory../configure --disable-checking --enable-languages=c,c++,fortran --disable-multilib --prefix=/path/to/install/gcc-5.4 --enable-threads=posixmake -j8 #线程数,不要邪恶,真不是故意写的make install

安装好之后将下面两行添加到~/.bashrc中,source一下。

检查gcc版本 gcc -v,出现版本号则安装完成。

#添加到bashrc中,请自行更换目录export PATH=/path/to/install/gcc-5.4/bin:/path/to/install/gcc-5.4/lib64:$PATHexport LD_LIBRARY_PATH=/path/to/install/gcc-5.4/lib/:$LD_LIBRARY_PATH#检查版本号gcc -v#gcc version 5.4.0 (GCC)

3.安装pizzly的cmake过程中报错

虽然安装了更高版本的gcc,但是还是使用了系统自带的gcc,将下列两行添加到~/.bashrc中,source一下。

#添加到bashrc中,请自行更换目录CC=/path/to/install/gcc-5.4/bin/gccexport CCCXX=/path/to/install/gcc-5.4/bin/g++export CXX

重新试一次,完美解决。

4.make install过程中报错

这一步是将生成的执行文件pizzly拷贝到/usr/local/bin/目录下,因为无root权限所以会出现错误,

将生成的pizzly添加到~/.bashrc中,source一下。

#添加到bashrc中,请自行更换目录pizzly=/path/to/install/pizzly/build/pizzlyexport pizzly

运行一下

3.安装完成。

有问题请留言或扫码添加微信公众号。

本内容不代表本网观点和政治立场,如有侵犯你的权益请联系我们处理。
网友评论
网友评论仅供其表达个人看法,并不表明网站立场。