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Linux 系统上安装R及加载R包

时间:2019-05-08 03:38:27

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Linux 系统上安装R及加载R包

因为安装Hic-Pro,需要依赖几个R包,比如ggplot2,又依赖>4.0的R,之前安的3.6,再重新安装一遍最新的吧,记录一下,省去了以后再重复查资料的过程。

一、先是官网上选择适合自己服务器的R:

https://cran.r-/

二、下载并解压

wget https://cran.r-/src/base/R-4/R-4.2.0.tar.gz

tar -zxvf R-4.2.0.tar.gz

./configure --with-pcre1

make #会编译好久

三、然后加载R包

进入bin目录下:

./R

> install.packages(“BiocManager”)

> install.packages(‘ggplot2’)

> install.packages(‘RColorBrewer’)

> q()

Save workspace image? [y/n/c]: n

新安装的R包会默认的放到library目录下.

四、可能会遇见的镜像问题:

Warning: unable to access index for repository https://mirrors./CRAN/src/contrib:

cannot open URL ‘https://mirrors./CRAN/src/contrib/PACKAGES’

Warning message:

package ‘BiocManager’ is not available for this version of R

一开始我以为是R版本的问题,转眼一想,我从3升到4,主要是为了安装ggplot2,这个就是依赖版本4的,那换镜像,于是重新选择镜像,从Beijing换到了Guangzhou,再安装R包,问题解决。注意,安装ggplot2需要时间会比较长。

参考:/shanyr/p/11427876.html

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