该寺始建于1691年（康熙三十年）是清王朝敕建的皇家寺院，由哲布尊丹巴活佛主持设计、建造。
1705年册封章嘉呼图克图为大国师，颁赏金印，住持汇宗寺，内外蒙古各旗均派一名品学兼优的喇嘛常住该寺。
1732年（雍正十年）外蒙古哲布尊丹巴活佛因故移居多伦淖尔，成为整个蒙古地区藏传佛教中心。佛光普照，享誉中外。
1945年8月汇宗寺的一部分建筑毁于战火，这座百年明寺开始走向衰落，“文革”期间再次遭到破坏，寺中喇嘛也被迫离开寺庙。
1701年（康熙四十年）6月，油饰彩绘工程圆满结束。同年7月期间，康熙帝临拈香礼拜，强调依照京城畅春园永宁寺的模式装饰多伦淖尔庙，经过半年多的准备，从京城迎请来佛像、经文及供器等，将其装修一新，并决定在多伦淖尔设立喇嘛印务处，章嘉活佛为札萨克达喇嘛，掌管内蒙古喇嘛教事宜。内蒙古49旗每旗选派一名品学兼优的喇嘛到该庙礼拜，形成了“家各一僧”制度；外蒙古各旗也依照这一制度，各派僧人到多伦淖尔庙常住。
1705年（康熙四十四年），康熙视察了多伦淖尔庙。当时蒙古各旗王公齐集在这里，表达团结一致，效忠清朝的心愿。
1706年（康熙四十五年），清朝册封章嘉活佛为“灌顶普善广慈大国师”，颁发金印，总管内蒙古喇嘛教。
17（康熙五十一年），多伦淖尔寺的整个工程全部完工，根据章嘉大师的提议，为多化淖尔庙敕额“汇宗寺”，“汇宗”一词出自《尚书·禹贡》篇，有“江汉朝宗于海”之意，从而有了正式的寺院名称。
17（康熙五十二年），康熙帝再次巡幸多伦淖尔，看到汇宗寺的恢宏壮观和来自内外蒙古王公也齐集在此，各旗的喇嘛在此静心诵经礼拜的情况，极为高兴。他认为这都是章嘉大师的功绩，宣布“黄教之事，由藏向东均归尔一人掌管”。从此正式确定章嘉大师总管内蒙古喇嘛教，也确认汇宗寺为其中心寺庙的地位。
