在我们学习新的知识技能的时候，大脑因为有神经可塑性，所以大脑的神经连接回路终身都可以发生改变。
比如的士司机对道路状况非常熟悉，他们大脑海马体中的负责空间位置区域就比常人要大。而在我们冥想时，也会出现类似的变化。
通过冥想，成年人的大脑也可以发生明显变化。冥想者仅仅通过调整自己的精神状态，就达到内心充实的境界。这种冥想过程可以影响大脑功能，长期练习还可以改变大脑的物理结构。练习冥想可以连接大脑中的某些神经回路，不光会对你的心智和大脑产生有利影响，还会对身体产生同样的好处。
冥想可以减轻焦虑和抑郁，改变一个人知觉和加工周围世界的方式。常见的冥想类型包括第一，专注冥想（focus attention meditation），比如最常见的呼吸冥想；第二是开放监视冥想（open monitoring meditation），又叫做正念冥想；第三种爱与善意冥想（loving-kindness meditation）。
呼吸冥想
人们在几个世纪以来，一直通过放缓呼吸，来促进和达成内心的平静。在临床中，控制呼吸也被用于治疗惊恐发作中过分觉醒的状态。在瑜伽练习中，人们练习控制呼吸，使得自己进入平静和专注的状态。专注于呼吸，放缓呼吸的频率，这是很多冥想练习的核心成分。研究表明，这种呼吸练习有非常多的好处，包括降低焦虑和提高睡眠质量来提升幸福感。这是为什么呢？
今年发表在科学杂志上的一个老鼠研究，发现我们大脑干中的神经元，和呼吸及冥想的平静状态都有关系。呼吸除了向肺部提供空气之外，还包括很多不同种类的呼吸节律，比如叹气、打哈欠，或者喘气等等。而这些不同种类的呼吸节律，和我们的社交、情绪信号是有关系的。在动物研究中发现，脑干的pre-Botzinger神经元群中的一个分群落，和叹气有关。刺激这个区域的神经元，小老鼠就会不停的叹气；而移除这一部分神经元小老鼠就会继续呼吸但是从来不叹气。这群控制呼吸节律的神经元（preBotzinger complex)，也参与调节大脑平静和觉醒之间的平衡。敲除这部分神经元的一个基因片段后，小老鼠的呼吸节律没有受到影响，但是他们的平静行为增加了，而觉醒的状态减少了。脑干中的这部分神经元，还连接并且负责调节蓝斑中的去甲肾上腺素神经元，而篮斑恰恰是我们大脑中负责注意力、觉醒和恐慌的一个中心。 我们的呼吸和情绪、注意力因为这个小小的大脑神经元群落而紧密地联系在了一起。
在对人类的研究中也发现，冥想和呼吸这两者紧密相关。法国国立健康医学研究所的科学家Antoine Lutz等人发现，长期练习冥想的人相比起那些不经常练习冥想的人，他们的呼吸模式更慢。而这个更慢的呼吸模式，可能意味着他们压力水平比较低。
专注冥想中的呼吸冥想，就是简单地把注意力集中在呼吸上，达到降低焦虑，提高专注力的目的。
正念冥想
正念冥想最初是古代佛教的一种冥想技巧，最近几年逐渐演变成了一系列的治疗方法和课程。大部分的正念冥想强调关注当下，以及简单地观察自己当下的感觉和想法的来来去去。
最初在几十年中，正念冥想被当作是一种治疗焦虑和抑郁的有效方法。在一些学校和军队中，正念冥想有的时候也被用于提高表现。此外，正念冥想还显示出了对于治疗慢性疼痛和耳鸣有一定的疗效。脑成像研究发现，这个古老的正念冥想练习，可以在很大程度上改变大脑的不同脑区之间互相交流的方式，从而永久地改变我们思维。
大脑对环境压力第一时间进行反应的区域，是大脑的杏仁核。这个区域是在进化上非常古老的一个小区域，形状类似杏仁而得名，也是由拉丁语直接翻译过来的词。杏仁核主要负责对负面情绪的反应，尤其是恐惧情绪。在焦虑症病人中，这个区域的活动会特别强烈，反应的逾限也比一般人低。也就是说，有焦虑症的人在遇到外界压力时，大脑杏仁核的反应会特别敏感、特别剧烈，外界的一点小事很容易就激起他们焦虑紧张的状态，形成恶性循环。而杏仁核的缩小往往意味着焦虑程度的降低。
正念冥想和大脑杏仁核的体积减小有关。在八个星期的冥想练习之后，练习者大脑的杏仁核缩小了，大脑中负责专注、觉醒和决策的前额叶皮层则变厚了。大脑不同脑区之间的功能连接也改变了：杏仁核和大脑其他区域之间的连接变得比较弱，而和注意相关的脑区之间的连接变得更加强。冥想练习的时间越长，大脑的这种改变就越多。而即使只有三天的密集正念冥想训练，也能明显降低杏仁核大脑前扣带回的连接程度，降低一个人的压力和焦虑。
此外，随着冥想的练习，人体内的压力相关的一些生物标记物和炎性反应也降低了，比如C反应蛋白，白细胞介素6（C-reactive protein, interleukin 6） 和可的松，这些和炎性反应有关的生物标志物都和疾病有关。
正念冥想大师在经历疼痛的时候大脑活动和一般人也不一样。高级冥想者在经历疼痛的时候，对疼痛的体验更少。然而脑扫描却发现，他们大脑中和疼痛相关的脑区反应更大，而他们的大脑中负责评价刺激、情绪和记忆的脑区活动则大幅度下降了。此外，高级冥想者大脑中两个通常会一起活动的脑区——前扣带回皮层（和疼痛的不开心体验有关）和前额叶皮层，两者之间的连接程度也下降了。也就是说，长期练习冥想的人在经历疼痛的时候，可以感觉到疼痛本身，但是他们对疼痛的负面体验减少了，他们不再觉得疼痛是件痛苦的事，并且他们也不那么关注（关注是额叶的功能）疼痛的负面体验。
冥想大师的这些大脑活动的改变并不是处于冥想状态中才会有的，而是已经成为了他们大脑中的一种永久性的知觉改变。长期练习冥想的人，他们大脑中的基线水平和一般人是不同的。另外一个对长期冥想了40000小时以上的影响者的研究发现，他们的大脑即使在不冥想的状态下，以后一个正常的人在冥想状态下是一样的。在这种程度的冥想积累下，冥想大师的前额叶皮层显示都不是增厚，而是再度变薄了。这可能意味着他们自我觉醒的思维方式已经内化了，变成默认的方式，变成了自动的，而不再需要额外的专注。
动物实验也给冥想的抗焦虑作用提供了支持的证据。在今年发表在美国国家科学院院刊上的一个动物研究发现，用光遗传学手段模拟冥想带来的脑活动，给予小鼠大脑前扣带回低频光刺激（频率分别为1赫兹和8赫兹），可以明显降低小鼠的焦虑情绪，并且改善它们的焦虑行为。
总而言之，无论是短时间的密集冥想训练，还是长期的冥想练习，都可以帮助一个人减少甚至消除外界负面刺激带来的消极感觉，并且减少外界刺激带来的压力。
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