跟一般的州县衙门相比，顺天府衙门的地位，非常特殊。自从顺天府被划为国都后，顺天府衙门管辖的大兴、宛平、通州等二十四个州县的地位，开始迅速的被抬高。
朝廷希望这里可以成为“首善之地”，全国的楷模和榜样，可以供其它地方学习。因为每年都有全国各地，甚至其他国家的人来到京城。维护好京城的体面，关系到朝廷的脸面。
但是，京城地区聚集了大量人口。皇族旗人，平民百姓。一些北京城周围农村地区的人，为了讨生活，也都聚集在京城里。而且，清朝又把亲王宗室也聚集在北京成内。再加上大大小小的官员。想要维护好京城地区的治安，其实是很难的。所以，清朝就可以抬高了顺天府衙门的地位，授予他们其他地方州府所不具有的职权。
最直接的体现，就是顺天府尹的地位，远远超过一般州县地方官。清朝时，知府一般为从四品官阶。而顺天府尹却是正三品官阶。中间相差两个等级。顺天府尹还拥有可以直接面见皇帝，陈奏事务的职权。如果顺天府尹对中央部院部署的命令有不同意见，可以直接跟皇帝提出。
而这种权限，一般只有总督、巡抚才能拥有。在衙门的印章上，顺天府衙门使用的是银印。一般来说，即便是长官为正三品官阶的衙门，也只使用铜印。只有督抚，才可以使用银印。这两点，都是顺天府衙门超过其他地方州府衙门所拥有的权限。
朝廷赋予顺天府衙门超高的权限，自然是为了更好的治理京城。但京城事务繁杂，仅靠顺天府衙门是不够的。所以，清朝以顺天府衙门、九门提督衙门、都察院下的五城御史为主，构成了一套较为完整的治安体系。在职权分配上，顺天府衙门主要负责民政，步军统领衙门负责京城警卫，五城御史负责治安。各有所司。
在顺天府衙门负责的民政，可以概括为“刑名钱谷”。刑名是司法刑事，钱谷则是财政赋税。相比财政赋税，刑名事务是顺天府衙门的日常事务。处理刑事案件是他们的一项基本职能。
为了完成这一只能，顺天府衙门下，设立较为完善的机构。如发审局，就是专门处理其他衙门移交的案件。司狱，专门管理顺天衙门的监狱。理刑推官，专门协助顺天府尹处理各样的刑事案件。
顺天府衙门管辖的范围，除了京师、宛平、大兴等二十四州县的刑事案件，还可以承接全国的刑事案件。所以，顺天府衙门一向有“小刑部”的称呼。他们能处理的案件，包括，人命、斗殴、诱拐、诈伪、盗窃等。
还有各个王府、部院提交的，外省居留在京城的人，以及跟外国人交涉的事情，又或者是大兴、宛平两个县无法审理的案件，都交给顺天府衙门处理。
光绪年间，顺天府衙门的职权再次扩大。包括盗贼、田宅、户婚，杂犯、钱债等方面的呈词，也交由顺天府衙门处理。
当然，这些案件承接后，顺天府衙门并不是都能做最后的决定。而是根据涉案人员，以及犯案程度，视情况而定。
如果是徒刑（监禁并强制劳动）以上刑罚，需要上报刑部，由刑部最终裁决。如果一些重大的命案、盗案，需要顺天府衙门跟直隶衙门共同设立后，再交由刑部裁决。
《大清会典》中，详细的规定了：“凡民控告者则听其狱，大事以闻，小事决之。所属五州十九县控案即与提审。重案奏请定夺，轻者或咨部办理，或自行审结。“
如果是涉及到旗人的事务，顺天府衙门是没有太大发言权的。这些事情，需要交给刑部和宗人府负责。从这里也可以看出，清朝的特殊情况。
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