德国空军最高司令部--分为前方部门和后方部门
前方部门：包括总参谋长，作战行动参谋长，通信总监，训练总监和部份情报部门，这个部门位于国防军最高统帅部
后方部门： 包括了最高司令部的其它部门，其位于柏林。
1935年3月，德国空军正式重新建立，并独立成军。戈林被任命为空军总司令。
1939年8月，空军兵力50万人，拥有飞机4730架，训练飞机2500架。其中一线飞机3750架，编成15个战斗机大队，30个轰炸机大队，9个俯冲轰炸机大队，10个驱逐机大队，23个远程侦察机中队，30个近程侦察机中队。
1941年5月29日，德国预定用于进攻苏联的作战飞机已达4000多架，战役兵团和军团航空兵已达306个战斗中队，其中127个轰炸机中队、89个战斗机中队。中央预备队387架飞机。此外，投入侵苏行动的欧洲仆从国中，芬兰空军投入作战飞机307架，罗马尼亚投入623架，匈牙利投入48架，意大利投入70架。
6月，空军兵力168万人，飞机一万架。
航空队：为最大的前线作战单位，下辖数个航空军，航空师，航空团，大队和独立部队。主要负责整个地区的空中作战和对陆军的支援。最初有4个航空队，而后来随着德国地面部队的推进，又成立了3个新的航空队。
共有：
第 1，2，3，4，5，6，和“帝国”航空队以及一些临时混编的航空队。
作战区域：
1939年
第1航空队--德国东北部
第2航空队--德国西北部
第3航空队--德国西南部
第4航空队--德国东南部
1942年
东部航空队(由第1航空队，第5航空军和顿河飞行队混编而成)--苏联中部
第2航空队--北非，意大利和希腊
第3航空队--法国，荷兰和比利时
第4航空队--苏联南部
第5航空队--挪威和芬兰
中部指挥官航空队--德国
1944年
第1航空队--波罗的海
第2航空队--意大利北部
第3航空队--法国，荷兰和比利时
第4航空队--匈牙利，南斯拉夫，罗马尼亚和保加利亚
第5航空队--挪威和芬兰
第6航空队--苏联中部
帝國航空队--德国
1945年
第1航空队--利陶宛
第2航空队--意大利北部
第3航空队--德国西部和荷兰
第4航空队--匈牙利和南斯拉夫
第5航空队--挪威和芬兰
第6航空队--东普鲁士
帝國航空队--德国中部
第1航空队
1943年5月编制为例，下辖：
第22侦察大队，第122侦察大队，第54战斗航空团，第53轰炸航空团，夜间侦察大队，第8侦察大队，第11侦察大队，第127海上侦察大队，第5俯冲轰炸航空团，第1航空军指挥中队
航空军；由数个航空师以及空降师组成。拥有作战飞机大约300-700架。
共有：第1，2，4，5，8，9，10，11，12，13，14和“突尼斯”航空军
第10航空军
1941年6月编制为例：
第14侦察大队，第121侦察大队，第122侦察大队，第123侦察大队，第27战斗航空团，第26轰炸航空团，第30轰炸航空团，第1特别轰炸航空团，第172特别轰炸航空团，第9特别轰炸大队，第506海岸飞行大队，第1训练航空团，第126海上侦察大队，第1俯冲轰炸航空团，第3俯冲轰炸航空团，第26驱逐大队
除了以上12个航空军还有2个战斗军
第1和第2战斗军
航空师：指挥1个或者更多的航空团。
共有：第1，2，3，4，5，6，7，9，10，14，15，16，17，18，道尼滋航空师
战斗航空师
共有： 第1，2，3，4，5，7，8和30战斗航空师
训练航空师
共有：第1和第2航空训练师
航校师
共有：第1，2，3，4航校师
1个空军教导师
1个航空目标师
航空团：也叫联队，最大的战术编制，一般下辖团本部和3-4个大队，第4大队通常为训练大队，而在1941年开始有的航空团第4大队也也为正式作战部队。
团本部拥有作战飞机4架左右，每个大队拥有作战飞机40架左右。
全团作战飞机在战争初期约为112架，战争中期约为164架，战争末期约为276架。
战斗航空团主要装备120-125架单引擎战斗机
共有：第1“余绍”，2“里希特霍芬”，3“乌德特”,4,5“北冰洋”，6“霍斯特。维瑟尔”，7“诺沃提尼”，11，20，21，26“施拉格特”，27，28，50，51"莫德斯"，52，53“黑桃”，54“绿心”，70，71，72，76，77“红桃”，101，102，103，104，105，106，107，108，109，110，111，112，113，117，300“野猪”，301，302，400和特别航空团
轰炸航空团：装备80-90架轰炸机
共有：第1“海登堡”，2“铁锤”,3“闪电”,4“维福将军”,6,25,26“狮子”,27“布尔科”,28,30“老鹰”,40,50,51,53“秃鹰军团”,54“骷髅”,55“狮头鹰”,60,66,76,77,100,101,102,200轰炸航空团。
特别轰炸航空团：装备运输机。
共有：第1，2，4，5，9，172特别轰炸航空团
训练航空团主要装备轰炸机，以及少量战斗机
共有：第1，2训练航空团
夜间战斗航空团：装备夜间战斗机
共有：第1，2，3，4夜间战斗航空团
对地攻击航空团:装备战斗轰炸机和攻击机
共有：第1，2对地攻击航空团
快速轰炸航空团：装备双引擎战斗机。
共有：第10，210快速轰炸航空团
俯冲轰炸航空团：装备俯冲轰炸机
共有：第1，2“殷麦曼”，3，5，51，76，77，101。102，151俯冲轰炸航空团
驱逐航空团：装备双引擎战斗机
共有：第1，2，26，52，76，101驱逐航空团
大队：德国空军最主要的战术编制，一般部队的调动都是以大队为基本单位，下辖一个大队本部和3-4个中队。
大队本部拥有作战飞机3-4架，总共大约40架飞机和500名人员，通常一个完整的大队拥有一个独立的机场。
另外除了各航空团下属大队之外，还有一些独立的大队：
侦察大队：装备侦察机
共有：第10，11，12，13，14，21，22，23，，31，32，33，41，120，121，122，123，124和德国空军指挥部侦察大队
轰炸大队：装备轰炸机
共有：第100，106，126，606，806轰炸大队
特殊轰炸大队：装备运输机
共有：第9，50，102，104，105，106，108，400，500，600，700，800，900特殊轰炸大队
海岸飞行大队：装备水上飞机
共有：第106，406，506，606，706，906海上飞行大队
搜索大队：装备侦察机
共有：第1，2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，13，14，15，16搜索大队
海上侦察大队
装备水上侦察机
共有：第125，126，127海上侦察大队
另外还有第196船基航空大队(装备Ar196水上飞机)和第186舰载大队--这个大队装备了Bf 109和Ju 87，原本计划装备德国海军航空母舰“格拉夫。齐伯林”号(Graf Zeppelin)，但是该舰始终没有完工。
运输航空司令部；1940年3月成立。
1942年；辖10个运输机大队，590架运输机。
伞兵第一集团军；1944年9月成立。
辖8个伞兵师，1个伞降装甲师，3个伞兵旅，12万人。
