python读取nii文件_python实现批量nii文件转换为png图像

之前介绍过单个nii文件转换成png图像：

这里介绍将多个nii文件(保存在一个文件夹下)转换成png图像。且图像单个文件夹的名称与nii名字相同。

import numpy as np

import os #遍历文件夹

import nibabel as nib #nii格式一般都会用到这个包

import imageio #转换成图像

def nii_to_image(niifile):

filenames = os.listdir(filepath) #读取nii文件夹

slice_trans = []

for f in filenames:

#开始读取nii文件

img_path = os.path.join(filepath, f)

img = nib.load(img_path) #读取nii

img_fdata = img.get_fdata()

fname = f.replace('.nii','') #去掉nii的后缀名

img_f_path = os.path.join(imgfile, fname)

#创建nii对应的图像的文件夹

if not os.path.exists(img_f_path):

os.mkdir(img_f_path) #新建文件夹

#开始转换为图像

(x,y,z) = img.shape

for i in range(z): #z是图像的序列

silce = img_fdata[i, :, :] #选择哪个方向的切片都可以

imageio.imwrite(os.path.join(img_f_path,'{}.png'.format(i)), silce)

#保存图像

if __name__ == '__main__':

filepath = 'nii的文件夹'

imgfile = 'image的文件夹'

nii_to_image(filepath)

代码是我自己写的，用于处理ADNI的nii格式完全有效。

以上就是本文的全部内容，希望对大家的学习有所帮助，也希望大家多多支持。