之前介绍过单个nii文件转换成png图像：
/weixin_43330946/article/details/89501865
这里介绍将多个nii文件（保存在一个文件夹下）转换成png图像。且图像单个文件夹的名称与nii名字相同。
import numpy as npimport os#遍历文件夹import nibabel as nib #nii格式一般都会用到这个包import imageio #转换成图像def nii_to_image(niifile):filenames = os.listdir(filepath) #读取nii文件夹slice_trans = []for f in filenames:#开始读取nii文件img_path = os.path.join(filepath, f)img = nib.load(img_path)#读取niiimg_fdata = img.get_fdata()fname = f.replace('.nii','') #去掉nii的后缀名img_f_path = os.path.join(imgfile, fname)#创建nii对应的图像的文件夹if not os.path.exists(img_f_path):os.mkdir(img_f_path)#新建文件夹#开始转换为图像(x,y,z) = img.shapefor i in range(z): #z是图像的序列silce = img_fdata[i, :, :]#选择哪个方向的切片都可以imageio.imwrite(os.path.join(img_f_path,'{}.png'.format(i)), silce)#保存图像if __name__ == '__main__':filepath = 'nii的文件夹'imgfile = 'image的文件夹'nii_to_image(filepath)
代码是我自己写的，用于处理ADNI的nii格式完全有效。
有问题欢迎指教，一起进步哟！
这几天总有人问问题，这里总结一下常见问题：
1.出现warning不要紧，数据集处理得没问题就行（个人观点）；
2.(x,y,z) = img.shape会报错，
这是因为不同的 nii 的shape不同，比如有的是(256,256,155,1)，有的是(256,256,155)，这时候先查询nii文件的信息（查询代码：/weixin_43330946/article/details/91538695），然后修改成(x,y,z,_)、(x,y)就可以了。如果文件夹中nii的shape有多种可能，写一个 if 语句就可以啦。
